Masahiro Kasahara @mkasahara .@taroleo TL を見るに、パーソナルゲノムとか Illumina とか全ゲノムシークエンシングとかをビッグデータ的に話して、情報な人が、ACGTをテキストで使うとかどんだけ無駄、とか、シェルスクリプトで数百TBのデータ処理してるとか草不可避、みたいな流れだったくさい。 2013-08-26 13:14:16
ゲノマーと情報科学について(続き)
Masahiro Kasahara @mkasahara .@taroleo TL を見るに、パーソナルゲノムとか Illumina とか全ゲノムシークエンシングとかをビッグデータ的に話して、情報な人が、ACGTをテキストで使うとかどんだけ無駄、とか、シェルスクリプトで数百TBのデータ処理してるとか草不可避、みたいな流れだったくさい。 2013-08-26 13:14:16
バイオと情報科学の関係について
Masahiro Kasahara @mkasahara @hikita @dmikurube ちょっと煽って言うなら「ゲノムの問題を理解して処理効率の良いプログラムを書ける人を雇うコスト＞＞＞プログラムなど書いたこと無いバイオの人に Perl で100倍遅いプログラムを書いて貰って実行するコスト」 2013-08-25 17:05:25 Masahiro Kasahara @mkasahara @hikita @dmikurube というか、そもそもゲノムの問題を理解してくれる人が希少なので、Google に行くようなハイレベル人材じゃぜんぜんなくていいのです。TopCoderで言えば青コーダーぐらいでいい。この業界、青コーダーならトップ2-3%ぐらいだと思う。 2013-08-25 17:10:34
人間はみなバグだらけ。完璧な人間なんていないことが遺伝子解析で証明される
人間はみなバグだらけ。完璧な人間なんていないことが遺伝子解析で証明される2012.12.26 12:3015,919 satomi ｢完璧な人間なんかいないさ｣と人を慰めることありますけど、あれって本当だったのね！ 英ケンブリッジ大学が179人のヒトゲノムを解読してみたら、本当に完璧な人間がひとりもいないことがわかりました！ DNAには欠陥があって無害なものもあれば病気となって現れる場合もある...というのはみなさんもご存知だと思いますが、｢平均的な人間はどれぐらいの欠陥を持ってるものなのか？｣という部分はこれまで曖昧なままでした。 ケンブリッジ大学のクリス・タイラー-スミス（Chris Tyler-Smith）博士はNPR放送にこう話してます。 ｢これは非常に面白い問題ですね。長年、間接的なアプローチによる推定の試みはなされてきました。重病が絡む変異体の推定数は、ほんの一握りしかないとい
RNA-seq Analysis With R/Bioconductor - The Cat Way
RとBioconductorでNGS解析: 2限 RNA-seq データ解析 はじめに この文章は統合データベース講習会：AJACSみちのく2「RとBioconductorを使ったNGS解析」2限目「RNA-seq データ解析」の講義資料です。 この文章の著作権は二階堂愛にあります。ファイルのダウンロード、印刷、複製、大量の印刷は自由におこなってよいです。企業、アカデミアに関わらず講義や勉強会で配布してもよいです。ただし販売したり営利目的の集まりで使用してはいけません。ここで許可した行為について二階堂愛に連絡や報告する必要はありません。常に最新版を配布したいのでネット上での再配布や転載は禁止します。ネット上でのリンクはご自由にどうぞ。内容についての問い合わせはお気軽にメールしてください。 対象 ここでは、Rの基礎知識がある人を対象に、RとBioconductor を使った RNA-seq
SEQanswers - SEQwiki
Welcome to the SEQanswers wiki! The forum works great for discussions, but not for collaborative editing of resources, hence SEQanswers wiki (SEQwiki). Go to: Software Hub The place to add to, edit or browse the software database on SEQwiki. Service Providers Browse or edit the list of NGS service facilities. How-to Hub Mini reviews for the most used tools broken down by common tasks. Developer
米Illumina社、スイスRoche社の買収提案は過小評価と拒否
米Illumina社は2012年2月7日、スイスRoche社による敵対的買収提案に対して「当社の企業価値を過小評価している」と同社の取締役会が本敵対的買収提案を全員一致で拒否したことを発表した。 この記事は有料会員限定です 会員の方はこちら ログイン 2週間の無料トライアルもOK！ 購読に関するご案内 ※無料トライアルのお申し込みは法人に限ります。（学生や個人の方はご利用いただけません）
【解説】スイスRoche社の米Illumina社に対する買収の行方
スイスRoche社は2012年1月24日、米国最大の新興企業向け市場Nasdaqに株式上場する米Illumina社に対して公開買い付けすると発表した。 この記事は有料会員限定です 会員の方はこちら ログイン 2週間の無料トライアルもOK！ 購読に関するご案内 ※無料トライアルのお申し込みは法人に限ります。（学生や個人の方はご利用いただけません）
パックマンの挑戦 － PacBioシークエンサー
PacBioシークエンサーONLYの日本で唯一のブログ 2012年1月～今 PacBio以外のことも書いてます。最近は非モデル生物系がマイブーム 今日はお酒の話。みなさんはお酒飲みますか？飲むとしたら何が好きですか？ ビール、ワイン、日本酒、焼酎、泡盛、ウイスキー、カクテル、ハイボール、、、 私はビールはスタウト以外なら何でも。ワインは詳しくないけど甘すぎなければ何でも。日本酒はこだわりないけど甘くないやつなら何でも。焼酎はお湯割りが合うなら何でも。泡盛はサンエーに売っているようなお手頃なものしか飲んだことないけど、今のところ何でも。 基本だいたい何でもいけますが、これも前の会社、トミーデジタルバイオロジーにいたおかげです。いい意味で（重要）。 でもウイスキー飲めるようになったのは比較的最近です。海外のひとと飲むと途中からウイスキーになることがあるんですが、彼ら薄めないんですよね。基本ス
ショートリードの憂鬱 - 次世代シーケンサー
第2世代高速シーケンサー（Illumina, SOLiD, 454）とそのアプリケーションについて。 できるだけ最新に近いことと、トレンド、面白いと思った論文やアプリケーションを書いています。シーケンサーに興味のあるひとは是非覗いていってください。 コメントも大歓迎です。 一分子シーケンサー PacBioについては、姉妹ブログ「パックマンの挑戦 http://pacbiobrothers.blogspot.com/ 」 を、10X Genomicsについては「くろみうんの冒険」を覗いてみてください！ 2020年のイルミナ新製品は、NextSeq1000・2000でしたか。 そうですかー、ミドルサイズのシークエンサーをバージョンアップしたんですね。 私は正直、もっとハイエンドのクラスを行ってくるかと思っていたのですが、ベンチトップクラスを狙ってくるとは。でも、だんだんと種類が増えてきて、エ
1
リリース、障害情報などのサービスのお知らせ
最新の人気エントリーの配信
j次のブックマーク
k前のブックマーク
lあとで読む
eコメント一覧を開く
oページを開く
SRA Statistics - Cell Innovation Program