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分子モデリング研究所 分子のモデリングと分子構造の解析
当サイトでは、分子のモデリングや分子構造の解析をパソコンでおこなっています。ソフトウェアの使用法やデータの取り扱い法を検討し、タンパク質その他の分子構造を解析しています。さらに、それらの知見を利用してソフトウェアを開発します。 当サイトで使用させていただいているソフトウェアは、全て、Web 上で公開されているフリーソフトウェア (ここでは、無料、登録不要といった意) です。 最近の主な更新情報 10 月下旬に再開します。 2008 年 9 月 15 日 : Ire1、KLF4、LF-transferase、LIN28、および lysozyme を更新しました。 2008 年 9 月 14 日 : IGF1、IL2、および insulin receptor を更新しました。 2008 年 9 月 13 日 : glutamate decarboxylase、Hda3a、および HMGB1
コンフレックス株式会社
製品&サービス Overview 弊社では、配座空間探索・結晶構造探索プログラムCONFLEX™およびグラフィカル・ ユーザー・インタフェースの開発及び販売を行っております。 また、米国Gaussian社の販売代理店として分子軌道法計算プログラムGaussianおよびGaussView等を、米国UCSFの販売代理店として生体高分子研究用の分子動力学計算プログラムAmberを、米国Revvity社の販売代理店としてChemDrawの販売・サポートを行っております。 また、これらプログラムを利用した講習会や受託計算サービスなど、お客様のニーズに合わて幅広く承っております。 取扱製品 CONFLEX CONFLEXは、鎖状部分の結合の回転・環を構成する原子のFlap・Flipにより発生する複数の出発構造を構造最適化します。このようにして、フレキシブルな分子の配座空間を探索し、化学的に重要な配座異
たんぱく質の折り畳み運動を読み解く新手法を開発
平成１９年１１月２０日 東京都千代田区四番町5番地3 科学技術振興機構（ＪＳＴ） Tel：03-5214-8404(広報・ポータル部広報課) URL https://www.jst.go.jp ＪＳＴ（理事長 北澤宏一）は、たんぱく質などの生体分子がいかにしてさまざまな立体構造を取りながら（移り変わりながら）安定な折り畳み状態になるのかを、実験的な１分子の挙動観察で得られる時系列データから読み解くための全く新しい方法論を開発しました。 本方法論は、１分子の運動が細胞や組織などのさまざまな環境の中で、いかにして細胞や組織などの機能に結びつくのかを解明する手段を示したものです。従来の理論的な数理モデルや微視的な計算機シミュレーションに頼ることなく、１分子レベルの運動の解析結果を組み合わせることにより、できるだけ自然な形で背後に存在する折り畳みの原理を、１分子の挙動の時系列データを通してたんぱく
Collaborative Computational Project No. 4 – Software for Macromolecular X-Ray Crystallography
The CCP4 software can be downloaded and runs on Windows, Mac OS and Linux. It provides an integrated suite of programs for determination of macromolecular structures by X-ray crystallography that can be accessed through a graphical interface on your computer, through CCP4 Online, or through CCP4 Cloud. CCP4 offers a variety of workshops and courses for students, early career researchers, and proje
VMD - Visual Molecular Dynamics
VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting. VMD supports computers running MacOS X, Unix, or Windows, is distributed free of charge, and includes source code. (more details...) Members of the Theoretical and Computational Biophysics Group were part of a talented multi-institutional interdisc
3D Molecular Designs – Transforming Science Education
Custom Models Communicate Your Innovations and Inspire Others Learn More Kits & ModelsInspire wonder as your students explore models that promote questions, conversation, and collaboration. Our scientifically accurate and engaging models align with science standards and expectations from middle school to college classes. Kits & Models
Center for BioMolecular Modeling: Home Page
The MSOE Center for BioMolecular Modeling (along with 3D Molecular Designs) creates hand-held molecular models in a variety of types and formats to assist in science education.Welcome to the Center for BioMolecular Modeling At the Center for BioMolecular Modeling (CBM), teachers truly do come first. We work closely with talented science educators from across the US to create innovative instruction
molrepでお手軽分子置換
030918 S. Fushinobu 060329 修正 PDBの構造登録数はうなぎ登りの昨今、分子置換でどんどん構造を解いていきましょう！ Michael G. Rossmann先生に敬意を払いつつ*・・・ 注１：ccp4iのインストールは必須です。バージョンはできるだけ新しいものを。 注２：molrepはAlexei Vaginの作っているプログラムです。ccp4にはデフォルトで入っていますが、彼のHPには最新版があります。 注３：ccp4 6.0の公開にともない、molrepもバージョンが上がり、さらに使いやすくなりました。 モデル分子の選択 アシメの分子数 反射ファイルの変換 molrep 複数のドメインからなる場合 ホモロジーの低い分子でモデリングする場合 1. モデル分子の選択 自分のタンパク質のアミノ酸配列と相同性の高い配列をPDBから検索する。 NCBIのblastpでd
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持続可能型社会への貢献遺伝子データベース - 持続可能型社会への貢献遺伝子データベース "Database for Genes Contributing to Sustainable World"-Abstract-PukiWiki
http://mbs.cbrc.jp/EzCatDB/RLCP/tutorial_jp.html
http://www.nfri.affrc.go.jp/yakudachi/koso/index.html
http://altair.sci.hokudai.ac.jp/g5/science/kaiseki3.html
http://rms1.agsearch.agropedia.affrc.go.jp/contents/kaidai/syokuhinNo30/30-2-2_h.htm
http://season.chem.sci.kobe-u.ac.jp/~tamura/
http://wwwsoc.nii.ac.jp/enzyme/
http://www.rcdc.nd.edu/compilations/Red/Intro_Red.htm
http://promode.socs.waseda.ac.jp/pages/jsp/ja/index.jsp
http://www.springerlink.com/content/n0j4wn557701/?p=55103d4348f44700af35022b0200f960&pi=116