５日の参院予算委員会で、菅氏は「以前は正式な名簿の提出前に、内閣府の事務局などと会議の会長との間で一定の調整が行われていた」と発言、「（任命拒否があった）今回は推薦前の調整が働かず、結果として任命に至らない者が生じた」と述べた。会議による候補推薦の法的位置付けについても「推薦を尊重しつつも任命権者として判断する」と、首相に裁量の余地があるとの認識を示した。 これに対し、山極氏は「（内閣府日本学術会議事務局の）事務局長は１０５人の（推薦者）名簿を提出前に杉田さんに見せていると思う」と指摘。その上で「（官邸側から）何か言われたとの話が伝わってきたが、直接言われていない。官邸側が『うわさ』として注文を付けて、こちらが名簿の構成を変えれば、官邸は『何も言っていない。会議が自主的にしたことだ』と言うだろう。そんな忖度はしたくない」と、会員の選定人事に介入しようとした官邸側の姿勢を批判した。