うだつの上がらないコンピューター会社勤務の会社員トーマス・アンダーソン(キアヌ・リーブス)には、ハッカーの“ネオ”という裏の顔があった。しかしある日、知り合ったモーフィアス(ローレンス・フィッシュバーン)から「人間は実は機械に支配されていて、今、僕らがこうして生きている世界は、ぜーんぶウソ! 仮想現実=マトリックスなの! キミも真実に目覚めて、支配者であるコンピューターと戦おう!」と、2021年の視点で考えるとギリギリな衝撃の真実を教えられる。かくしてネオは、恋人にして女戦士のトリニティ(キャリー=アン・モス)たちと人類を支配する機械文明に立ち向かい、壮絶な戦いの末に命を落とした……はずだった。 それから22年、アンダーソン君はゲーム会社に勤務して、それなりの成功を収めていた。ボチボチの日常を送るアンダーソン君だったが、そんな彼の前に謎の若者たちが現れる。実は機械と人類の闘いは続いていたの