公式に修正されました(2018-05-17 加筆) この問題については、2017-11-11 リリースの rmarkdown 1.7 で fix #722 として修正されていました。アプローチは自分と違っていましたが、rmarkdown 1.9を使ったR Notebookで問題なく日本語(utf-8)を含む.Rmdを取り出せることを確認しました。 https://github.com/rstudio/rmarkdown/releases/tag/v1.7 fix #722: use <a download href="base64"> instead of FileSaver.js to … このページの workaround は、rmarkdown 1.7 以降ではもはや正常な挙動を上書きしてしまうので使用しないでください。 TL; DR R Notebookでは、作成した.nb.htm