【ゲノムリテラシー講座】パスウェイ解析/システム生物学入門(講義1)本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD） ゲノムリテラシー講座において2010年9月7日に開催された、バイオインフォマティクスの基礎：パスウェイ解析・システム生物学 から、竹本 和広（JSTさきがけ）による「パスウェイ解析／システム生物学入門（講義1）」をお送りします。約74分です。
Cytoscape を使い倒す!〜応用発展編〜
Cytoscapeとは、生物学的ネットワーク（グラフ）を可視化＆解析できるオープンソースプラットフォームです。もともとは生物学的ネットワークのためにオブジェクト指向型言語Javaで書かれたソフトですが、もちろん生物以外を対象にすることもできます。手軽な操作でネットワークの画像を出力することができ、また解析をすることもできます。 今回は応用発展編として、大量データの読み込みの仕方、フィルターのかけ方、ネットワークの可視化について説明します。 見どころダイジェスト 00:00 1. Cytoscape で読み込めるファイル形式の説明 00:32 2. ネットワークデータ (galFiltered.csv) の内容説明 01:08 3. ネットワークデータ (galFiltered.csv) の読み込み 02:42 4. マイクロアレイデータ (galExpData.csv) の内容説明 03:
TogoWS RESTサービスを使い倒す
RESTとは、DBCLSが統合ホームページで提供しているTogoWSにおいて提供されているサービスの一つです。TogoWSでは、ウェブサービスによって DDBJ, KEGG, PDBj, CBRCの４センターをバーチャルに統合し、国内の主要データベースと解析サービスを透過的に利用可能にする取り組みを行っています。これまで４センターで独自に開発されてきたウェブサービスの API を、ライフサイエンス統合データベースセンターにおいて一元的に利用できるようにし、相互に連携するために必要な追加機能を提供することで、ワークフローを容易に構築できる環境をユーザに提供します。 このRESTサービスでは、URLにデータベース名やそのエントリを追加するだけで簡単にそのデータベースから欲しい情報を得ることが出来ます。 また特定の情報だけを選んで取得することも出来ます。
Avadis NGS の使い方〜導入編〜
Avadis NGS は次世代シーケンサ(以下 NGS)から得られたデータの解析のための商用ソフトウェアです(無料で20日間試用できます)。Strand Scientific Intelligence 社が開発、日本では Agilent 社が販売しています。 Avadis NGS ではマッピングされたショートリードのデータ(SAM や BAM フォーマット)を読み込み、クオリティ・チェックを施した上で各種の解析およびその可視化を行う、という一連の流れを一つのソフトだけで行うことができます。 見どころダイジェスト 1.Avadis NGS サイトのアカウントを作成する (44秒) 02:20 2.ソフトウェアをダウンロードする 02:52 3.ライセンスを取得する 04:05 4.ソフトウェアをインストールする 04:56 5.ソフトウェアをアクティベーションする 05:42 6.アノテーシ
CLC Genomics Workbench でショートリードのマッピングを行う
CLC Genomics Workbench は CLC bio 社によって提供されているゲノム解析ツールの商用パッケージです。生命科学データの解析に使われるいろいろなツールを統合されたインターフェースで扱うことができます。今回は NGS データの解析に欠かせないショートリードのマッピングの方法を紹介します。
Galaxyを使い倒す あるIDに対応する別のIDをデータに付加する&解析結果・方法を共有する
Galaxyは主に生物系のデータ（ゲノムなど）を解析するための環境です。・ウェブ上のインターフェースで簡単に操作できる。・解析方法をワークフローとして保存できる。・ワークフローや解析履歴を他の人と共有できる。といった特徴があります。 今回は、DBCLSがGalaxyに独自の機能を組み込んだDBCLS Galaxyを使用して、マイクロアレイの実験データに別のプローブIDを付加する方法を紹介します。また、IDを付加するためのワークフローを作成し、以後に別のIDを容易に付加できるようにする方法を紹介します。そして、解析の結果・方法やワークフローを他人と共有する方法を紹介します。Galaxyを紹介した他の統合TV(DBCLS Galaxyの利用法とGalaxyを使い倒す 特定の転写因子予測結合領域と遺伝子上流領域の「交差点」をリストアップする)も御覧ください。
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Cytoscape を使い倒す!〜基本操作編〜
HeliScope CAGE法について@AJACS本郷9
沖縄先端ゲノムプロジェクトの概要と成果 次世代シーケンサSOLiD4の活用