foreachについてまとめたい - J's blog
foreachパッケージのforeach関数についてです。 Rで並列処理を行う際に今まで使用してきましたが、引数は.combineをいじるくらいでした。他にも%dopar%とかよくわからないものを蔑ろにしていました。この関数は今後もよく使うことになりそうなので、頑張ってまとめてみたいと思います。 基本 基本形としてはこんな感じです。 foreach(i = 範囲) %do% { -- 処理 -- } 1~3の平方根の計算例が以下になります。返り値はデフォルトでlistです。 > foreach(i = 1:3) %do% { sqrt(i) } [[1]] [1] 1 [[2]] [1] 1.414214 [[3]] [1] 1.732051 イテレータをここではiとしていますが、もちろんaでもbでもokです。さらに言えば、イテレータは2つ以上あっても大丈夫で、その場合は要素数の少ない方に
doParallel関数に直接ワーカープロセス数を指定するとゾンビプロセスが残る件 - 2014-09-23 - sfchaos blog
次から次へと迫り来る原稿の嵐に追われている休みの昼下がり、何気なく目を向けたTLにこんなつぶやきが。 並列化した残骸のRScrpt.exeどうやって処分したらいいの…#メモリを圧迫し続けています— Hadleyに憑依されてるテラモナギ (@teramonagi) 2014, 9月 22 というわけで調べてみました。 状況の再現(Ubuntu) まずは、Ubuntu-14.04での再現。 > library(foreach) # doParallelを読みこめばforeachも読み込まれるが念のため > library(doParallel) > registerDoParallel(4) > foreach (i=1:32) %dopar% sqrt(i) > system("ps") PID TTY TIME CMD 19531 pts/14 00:00:00 bash 19766 pt
foreachパッケージで並列化する時、現在の"環境"にない変数・関数は、明示的に.export引数にて指定しなければならない - My Life as a Mock Quant
foreachパッケージについて 遅い遅いと巷で噂のR君も並列化すればそれなりにパフォーマンスが期待できるわけです。Rにおいてどうやって並列化をするのかというと、foreachパッケージ＆関数で並列化するのが手っ取り早くて、これはざっくりでいうと foreach(i in 1:3) %dopar%{ #ここに処理 } と書くだけで処理の並列化をすることが可能です。ここで%dopar%と書いている箇所を%do%に直せば並列化させないとして処理されるのも良いところだ。この裏側の仕組みとしてはforeachパッケージが各種並列化パッケージであるsnow/multicore/parallel/Rmpiへのフロントエンドとして機能していて、裏側ではそれらのパッケージに処理をブン投げる形になっているそうだ。詳しくは を読むとよい。上述の書籍を読むに、このforeachパッケージとparallelパッケ
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