How To Create Mutation Diagram In R Or In Any Tools?Please let me know any tools or R packages that can create a mutation diagram showing mutations in protein domains like this figure from the MSKCC cBio Cancer Genomic Portal? Thanks in advance
R-Cloud Workbench
ArrayExpressHTS - RNA-Seq Processing Pipeline ArrayExpressHTS is an R based pipeline for pre-processing, expression estimation and data quality assessment of high throughput sequencing transcriptional profiling (RNA-seq) datasets. The pipeline starts from raw sequence files and produces standard Bioconductor R objects containing transcript measurements for downstream analysis along with web report
R による bioinformatics
Eutils に関する記事 Eutils を用いるための R のスクリプト（データベースごとに分類） Genome-wide association study に関する記事 GenABEL パッケージを使った GWAS ( Genome-wide association study ) について その他のパッケージの紹介 パッケージに含まれる関数の紹介 Haploview に関する記事 R で作った図や表のサンプル 文献と遺伝子のつながりを示す図 PubMed へのリンクつき（Entrez Gene へのリンクはなし） スクリプトはこちら 文献と遺伝子のつながりを示す図（改） PubMed, Entrez Gene へのリンクつき スクリプトはこちら PubMed 検索の結果を示す表 スクリプトはこちら その他 オプションに関する記事 R のオプションの設定について tips ちょっとし
NG Sequence - Manuals
HT Sequence Analysis with R and Bioconductor Authors: Tyler Backman, Rebecca Sun and Thomas Girke, UC Riverside Introduction [ Sequencing Technologies ] [ Latest Slides from NGS Analysis Workshop ] High throughput sequencing (HT-Seq or HTS), also known as next generation sequencing (NGS), presents a wide spectrum of opportunities for genome research. Unfortunately, many existing bioinformatic to
Oligo/BAC CGH Array 解析パッケージをまとめてみる - 気の向くままに
書きかけです‥下書きで保存すると結局公開しないことが多発するので。 また来週に改訂するつもり。 目的・動機 今回は普段自分が使っていないプラットフォームの CGH マイクロアレイを解析 & 自分の実験データと比較するために、他社のプラットフォームを解析するためのツール (パッケージ) をここに集めておく *1。 対象とするのは BAC とアジレント社製の CGH アレイ。# だったけど Affy と共用のものもある 背景 今やっている研究では Affymetrix 社製の GenomeWideSNP 6.0 array というアレイを用いて染色体の構造異常を解析している。 また最近になって各種の精神疾患で多くの染色体構造異常が報告されまくっている*2。そしてこれらデータは論文で発表されるとともに NCBI GEO でも利用可能になっている (ものもある)。 ここからパッケージたち cghM
braju.com - R software by Henrik Bengtsson
Henrik Bengtsson, 2012-05-04 Active packages Please know that the packages that I am actively developing are available on CRAN and Bioconductor, e.g. R.methodsS3, R.oo, R.utils, R.cache, R.devices, R.rsp, R.matlab, matrixStats, aroma.light, aroma.affymetrix, aroma.cn, aroma.core, and PSCBS. I am a co-developer of other packages, e.g. affxparser, ACNE and calmate. I also maintain the Aroma Project
共立出版株式会社 新刊・近刊2007年9月『統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析−Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング−〔CD-ROM付〕』
統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析 −Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング−〔CD-ROM付〕 （ISBN978-4-320-05659-6） 樋口千洋・石井一夫 著 B5，288頁，4300円 ●内容 医学・生物学の分野では，マイクロアレイやプロテオミクスなどのゲノム関連データ解析の発展に伴い，大量のデータ解析を日常的に行うことが多くなってきた．このような状況において，統計解析環境RとそのアドオンソフトBioconductorは，もっとも有望なオープンソースのデータ解析ソフトとして知られており，利用者も広がりを見せている．本書は，プログラミングなどを専門としないユーザ向けに，ゲノム解析に関するデータ解析について，特にマイクロアレイ解析に偏ることなく，蛋白質解析，データベースとの連携など，バイオインフォマティクス全般に
最短経路の本 レナのふしぎな数学の旅
シュプリンガーネイチャーは、発見の進展に貢献するために、信頼性が高く洞察に富む研究の出版を通して新領域の知識の成長を支えるとともに、アイデアや情報への世界からのアクセスを可能にします。
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Bioconductor - Trends in genomic data analysis with R / Bioconductor
Google Code Archive - Long-term storage for Google Code Project Hosting.
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Bioconductor - BioC 2010
MADS+: discovery of differential splicing events from Affymetrix exon junction array data
Computational Biology and Functional Genomics Laboratory
biomaRt and GenomeGraphs: a worked example
提示信息
NameBright - Coming Soon
統計の学習に役に立つサイト，Rを中心に - Hacking is believing@itoshi (2007-08-02)
SNPchip
Exploration, normalization, and genotype calls of high-density oligonucleotide SNP array data - PubMed