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Pursuing Big Oceans : 試行錯誤で培ってきた、生産性をあげる実験ノートの書き方 - livedoor Blog（ブログ）
研究には理論系・実験系・フィールド系など様々な分野があるので、研究者の中にはノートを書く習慣があまりない人もいるかもしれませんが、俺のように毎日実験ばかりしている人にとって、実験ノートは欠くことの出来ない毎日の習慣です。実験の進捗状況を細かに記した実験ノートは、後日実験結果を参照する際に重要になってきます。 ノートの書き方は、例えば学生時代の授業でのノートのように、人によって千差万別で決まった型のないものです。人から見たら、俺の書き方をめんどくさいと感じるところもあるでしょう。ただここ数年、実験を経験する中で、試行錯誤を通して自分なりに実験ノートの書き方を掴んできたので、簡単にまとめてみたいと思います。 また、このエントリーの最後に少し書き足しましたが、実験ノートの書き方は手帳を使ったスケジュール管理に通ずるところがあると個人的には思っています。なので、このエントリーが研究者以外の人にもビ
生命情報科学若手の会 - NGS現場の会
次世代シークエンサ現場の会（NGS-Field）とは？次世代シークエンサ現場の会（NGS-Field）は，技術革新が急速に進む NGS 業界の情報・ノウハウについて，相談・質問・共有・議論してゆくための科学者コミュニティです。NGS に興味はあるけどまだ詳しくない方から，すでに NGS 業界で活躍されさらに議論を深めたい方まで，NGS に関わる情報・ノウハウに関心がある方を幅広く対象としています。「現場」＝「実際に NGS を使って研究しながら試行錯誤している人たち」にこそ，（まだ論文に載っていないようなものも含めて）最先端の情報・ノウハウがあります。NGS 関連の情報・ノウハウをアップデートしてゆきたいみなさまの参加をお待ちしています。また，共同研究相手を探す目的での入会も歓迎します。 NGS-Field への参加をお待ちしています！ 参加するには？ 自己紹介フォームにご記入いただき，
日本からNature, Science, Cellの論文が出にくい理由 White編 - AMOKNの日記
昨日のゲームの話とは別の角度からサイエンスにおけるゲームについて書いてみる。 アメリカと日本におけるPIになること、およびPIで居続けることを一つのゲームと考えてそのルールについて書いてみよう。 アメリカの場合、PIは日本の助教も含まれる 必要な業績はNature姉妹紙クラス1報からNature, Science, Cellを1報と学会誌1報程度 最初はテニュアトラックがあり、一定の業績を挙げ続けないとクビ その後も准教授、教授と地位は上がっていくが、業績が出ないとクビにはならなくとも何らかの降格や左遷に近いことになることがあり得る この場合の業績とはNature姉妹紙程度を指す 年齢による退職はない 日本の場合、 教授 Nature, Science, Cellの1st Authorshipが2報（確実にPIになれそうな業績） 一度なってしまうと、犯罪でもしない限りクビにはならない（最近
日本からNature, Science, Cellの論文が出にくい理由 Black編 - AMOKNの日記
ここ2日ばかり綺麗事ばかり書いてきましたが、いよいよ本題。 留学してびっくりするのは、欧米人は大抵9時5時で帰ることである。仕事が立て込んでいるときは夜遅くまで残ることもあるが、1週間も続けば良い方で、それも年に1，2回程度。 一方、日本人研究者は日本でも海外でも、家族がいなければ、朝一番にはじめて夜中の11時12時までやるなんてのはよくある光景。食事と寝ている時間以外全部研究しているという人は結構多い。 で、日本からNature, Science, Cellがアメリカほど出ないのは不思議ではないでしょうか？むしろ、その数は減る傾向すらあるようです。 その理由はいくつかあって、日本はマテリアル作りから始めるのに対して、海外のビックラボは大抵余所のラボからマテリアルを貰って、一番楽で一番大きな結果が得られる最後の実験だけやるなんてのは良くある話。もちろん、全く新しい系を一人で立ち上げる猛者も
文科省科研費新学術領域「ゲノム支援」ゲノムELSIユニット
ゲノムELSIユニットは、文部科学省科学研究費補助金新学術領域研究「ゲノム支援」 の活動として、京都大学人文科学研究所に設置されました。ゲノム研究における「研究ガバナンス」の構築に取り組みます。ゲノムELSIユニットは、文部科学省科学研究費補助金新学術領域研究「ゲノム支援」の活動として、京都大学人文科学研究所に設置されました。ゲノム研究における「研究ガバナンス」の構築に取り組みます。
BMB2010 研究者は
ma_ko先生が実況してくださいましたので、とぎゃってみました。BMB2010でのセミナー「私たちの論文以外の活動はどう評価されている？～既存の評価軸に乗りづらい研究者の活動をどう評価するか～」 講師：白井哲哉・加納圭
次世代シーケンサーの新しい分類
これまでGOクラブでは、次世代シーケンサーを第2〜第4世代まで性能・機能別に分類してきた。次世代シーケンサーも、他の機器と同じく、新しい世代の機種は性能が上がり、旧世代の機種は次第に廃れると考えられた。ところが、454 FLXシーケンサー、Illuminaシーケンサー、そしてSOLiDシーケンサーの3機種がよく知られている第2世代シーケンサーであるが、3年前はどれも同じレベルの性能を持っている印象を受けた。しかし、その後、これら機種はそれぞれ進化し、454-FLXは他の2機種とは性能が大きく異なってきた。また第3、第4世代の新機種も続々と発表されている。このような背景から、GOクラブでも、「第3世代、第4世代シーケンサーに負けていない第2世代シーケンサー」というタイトルの記事も過去に紹介している。新しい出来事として、第2世代のSOLiDシーケンサーを開発・発売しているLife Techno
asahi.com（朝日新聞社）：パナソニック、遺伝子情報をその場で全自動診断できる技術確立にめど - 日刊工業新聞ニュース - デジタル
パナソニックは医師がその場で患者の遺伝子情報を全自動診断できる技術の確立にめどをつけた。遺伝子診断は適切な抗がん剤投与などに欠かせない。今回、ワンチップ化の重要技術となる超小型高圧ポンプと高精度フィルターを開発した。今後、超小型のサンプル遺伝子の増幅装置（ＰＣＲ）が完成すれば、数マイクロリットル（マイクロは１００万分の１）の微量な血液を使い、名刺の半分程度の小さなチップ上でのＳＮＰ（スニップ＝用語参照）検査が実現する。 ベルギーの研究機関のＩＭＥＣとの共同研究による成果。数日かかっていた検査が１、２時間ですむようになる。臨床現場で患者の体質に合わせた医薬品処方などの治療法を選ぶ「テーラーメード医療」の普及につながる。 現状のＳＮＰ検査は最小でもデスクトップパソコンぐらいの大きさの機器と細かな手作業が必要で、受託サービス業者に任せるケースが多い。そのため検査完了まで数日かかり、急を要する
CafeMol
coarse-grained biomolecular simulation software for proteins, nucleic acids, and membrane CafeMol is a general-purpose coarse-grained(CG) biomolecular modeling and simulation software. It can simulate proteins,nucleic acids,lipids and their mixture with various CG models. CafeMol Update! (2021/4/1) We are glad to announce the release of CafeMol 3.2.1! The manual has also been updated. CafeMol Upda
Removing duplicates is it really necessary? - SEQanswers
"Also how do you define a duplicate?" As you suggest, this can be done in at least two ways. Both have caveats. If you define duplicates as reads with identical sequence you may underestimate the presence of duplicates in your library. Read errors present in your library will result in reads with apparently different sequences that could have actually come from PCR amplifications of the same cDNA
Precambrian Ecosystem Laboratory - 12月13日 インド洋中央海嶺に新たに熱水サイト2つを発見しました。そして白いスケーリーフットが発見されました。
昨年10月に行われたYK09-13 Leg1航海 (首席・玉木賢策 (東京大学))において、インド洋中央海嶺上の南緯18°-20°を「しんかい6500」およびディープ・トゥで調査した結果、2つの熱水サイトを発見しました。我々はこれらのサイトをDODO(ドードー)サイト、Solitaire(ソリティア)サイトと名付けました。 また、ソリティアフィールドでは今までインド洋の「かいれいフィールド」でのみ存在を確認されていたスケーリーフットが存在していました。しかしながら、その容姿は白いうろこそして茶色い貝殻と全く違うものでした。 Achievements (インド洋中央海嶺にて新熱水サイトを2つも発見、さらに白いスケーリーフットも発見っ(2010)) JAMSTECプレスリリース (硫化鉄を纏わない白スケーリーフットを世界で初めて発見 -インド洋における新規熱水探査の成果-) 「プレカン川口によ
EMBRYS - Embryonic Gene Expression Database as a Biomedical Research Source
Methods Assay Sample Collection This project is conducted in the ICR mouse strain. Pregnant ICR mice for sample collection are purchased from Sankyo Labo Service Cooperation Inc. (Tokyo, Japan). At E9.5, 10.5 and 11.5, embryos are manually harvested into RNase-free cold phosphate-buffered saline (PBS) treated with DEPC (diethylpyrocarbonate) and fixed overnight in a solution of 4% paraformaldehyde
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Exome sequencing identifies ACAD9 mutations as a cause of complex I deficiency - Nature Genetics