Author post: qqman: an R package for visualizing GWAS results using Q-Q and manhattan plots
This guest post is by Stephen Turner on his preprint qqman: an R package for visualizing GWAS results using Q-Q and manhattan plots, available on bioRxiv here. This is a modified version of a post from his blog. Three years ago I wrote a blog post on how to create manhattan plots in R. After hundreds of comments pointing out bugs and other issues, I've finally cleaned up this code and turned it in
理研、血小板の数や大きさに個人差がある理由をゲノム解析により解明
理化学研究所(理研)の研究グループは、血球成分の個人差に関連する遺伝的背景の解明を目的とした国際共同プロジェクト「ヘムジェン コンソーシアム(HameGen consortium)」に参加し、血小板の数や大きさに関わる68個の遺伝子を発見したことを発表した。同コンソーシアムには、世界中に存在する36のゲノム研究施設が参加し、日本人集団を対象とした研究は、理研ゲノム医科学研究センター 統計解析研究チームの高橋篤チームリーダー、岡田随象客員研究員が担当して発見した成果である。この成果は、英国の科学雑誌「Nature」(オンライン版)にて公開された。 血小板は、赤血球、白血球とともに血液中の細胞成分の1つで、血管が損傷した時に集合して、その傷口をふさぐ役割を担っている(血小板凝集)のと同時に、血液を凝固させる成分を放出し、出血を止める役割も担っている(凝固)。 血小板の数や大きさといった測定値は
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好戦的な飛び出し坊やがいます 難しい青看板を見に、滋賀県へ行きました。 田堵野交差点付近（甲賀市） 湖南と甲南が同じ方向にあって、ローマ字表記がどちらもKonanになる難解ぶり。 ●山も両側にあります。難しい。 真実はいつもふたつ！ 滋賀県生まれの著名人に、飛び出し坊やさん（1973～）があり…
NBA::GWAS Further Readings - 気の向くままに
# 9/20 少し追加 # 9/1 当日のスライドをエントリ最後に追加しました 疾患の研究論文を読み漁ったので、ついでにブログに残してみる。 対象としたのは、GWAS (全ゲノム相関解析)、Missing Heritability (GWAS でつかめなかった遺伝寄与 = Missing heritability) が中心。 Rare variants は Genomic disorders を確立したけれども、多因子疾患ではどうなるのか? 今、疾患研究は GWAS と CNV が期待通りにいかなかったというターニングポイントを回って、aCGH/SNP array が築き上げた Rare variants が期待のバトンを握ったところか。 これに加わると期待されるのが次世代シーケンサーによる Rare variants の発見。 GWAS-identified locus の deep s
Tissue-specific analysis of chromatin state identifies temporal signatures of enhancer activity during embryonic development
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LocusZoom - Create Plots of Genetic Data
We will be running operating system upgrades for the server that powers many of our data APIs (portaldev.sph.umich.edu). We have scheduled some downtime to install it next Friday Nov 13 @ 5:30PM (eastern US time). If you use interactive LocusZoom.js plots, you may notice either downtime or partial errors during this window, as many installations use our shared infrastructure for information like r
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Sanger Team Analyses Suggest Synthetic Associations Not Behind Most Common Disease GWAS Signals
Sanger Team Analyses Suggest Synthetic Associations Not Behind Most Common Disease GWAS Signals By Andrea Anderson COLD SPRING HARBOR, NY (GenomeWeb News) – Synthetic associations between rare, disease-causing variants and common variants probably explain relatively few of the signals detected in genome-wide association studies of common disease, according to Wellcome Trust Sanger Institute human
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Annotated Manhattan plots and QQ plots for GWAS using R, Revisited
Alternate color manhattan plot
GWAS Central - Home Page
WikiGenes - Principles for the post-GWAS functional characterisation of risk loci
Site not found
GAME-ON & OncoArray | EGRP/DCCPS/NCI/NIH01142-6)
Select: GWAS Gets Functional
Longevity debate: Chips to blame? - The Scientist - Magazine of the Life Sciences
Authors of Controversial Longevity Study Discuss the Furor - ScienceInsider
Serious flaws revealed in "longevity genes" study : Genetic Future
Using Expression Data to Mine the "Gray Zone" of GWAS
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