日本熊森協会のツキノワグマ・ヒグマ保護活動に対して、その手法・精神性の両面について問題が大きいことは各所で指摘されている。 取り上げられることが多いのは、「ドングリ運び」「ドンプレ」と称される「お腹をすかせたクマに食べ物を届ける」活動である。 2010年秋、協会は大々的に全国からドングリを募集し、一部をヘリコプターで山中に運ぶという活動を行った。 (通常のドングリ運びを含む)本件については、野生動物の研究者によって問題点が指摘されているほか、ブログやtwitter上等で是非について議論が続いている。 2011年4月、「協会の元スタッフ(既に除名措置を受けているとのこと)」である男性が、「熊森活動備忘録」と題するブログを開設し、協会内部の問題点について指摘を始めた。 ※ブログは削除済みである 著者John Smith氏(氏はブログ内で本名を公開している)は、ブログの最初の記事でこう記している