地球の遥か彼方、6万光年先の惑星Zi。 帝国軍と共和国軍の大戦争が終了して20年。人々は小さな村(コロニー)を作り、細々とではあるが平和に暮らしている。広大な砂漠地帯には、かつての戦争で廃墟と化した町や遺跡が点在し、朽ち果て、動けなくなったZOIDSが砂に埋もれている。 この物語は、主人公バンが、野良ZOIDSを操る盗賊団から逃れる中、偶然遺跡で発見したZOIDSエッグの起動スイッチを押してしまうことから始まる。 そのZOIDSエッグから生まれたのは、特殊能力を持つT-Rex型ZOIDS(ジーク)と謎の美少女フィーネ。バンは、フィーネから聞かされた全てのZOIDSの母であり、ZOIDSの究極の望みを叶える「ZOIDSイブ」を求め、フィーネ・ジークと共に旅に出る。 しかし、その先に待ちかまえていたのはジークの特殊能力を狙う帝国軍と共和国軍。ZOIDSを単なる兵器として扱う大人達に対し、生き物