菅義偉官房長官は１７日午前の記者会見で、内閣府に事実関係を確認したことを明かした。そのうえで内閣府は「『官邸の最高レベルが言っている』『総理のご意向だと聞いている』と言ったことはなく、首相からも一切指示はない」と答えたと説明した。 菅氏は「報道されているような事実はない。文書の作成日時や作成部局が明確になっていない。誰が書いたか分からない。そんな意味不明なものについていちいち政府で答えるようなことじゃない」と述べた。 首相はこれまでの国会審議で「（加計学園の理事長は）友人だから会食もゴルフもする。でも、彼から（獣医学部設置の認定について）頼まれたことはない」と明言。「（認定を）私がもし働きかけて決めているのであれば、責任を取る」と答弁している。菅氏は会見で、こうした首相の答弁について「まったく問題ない」とした。