他の多数のLinuxディストリビューションと異なる点がいくつかあり、その一つに挙げられるのがインストールやアップグレードに際してローカルでソフトウェアをコンパイルすることである。その際、ユーザーはUSEフラグを使って比較的簡単にコンパイルオプションを調整することができる。また、一部のソフトウェア(Mozilla FirefoxやLibreOfficeなど)ではコンパイルオプションの調整で得られる環境への最適化を犠牲にして、導入時間の短縮などを目的として他のLinuxディストリビューションなどでみられるような予めコンパイルされたソフトウェアパッケージを導入することもできる。また、インストールの方法も特徴的である。インストールハンドブックで推奨されている方法は、インストールメディアでシステムを起動し、インストールに最低限必要なパッケージをダウンロードし、Portageを使ってシステムを構築して