地方組織からは、9月の党総裁選の党員票で石破幹事長が1位だったにもかかわらず、国会議員のみの決選投票で安倍氏が逆転勝利したことに不満の声があがった。 群馬、埼玉、石川の3県連は総裁公選規定の見直しを要求。群馬県連の須藤昭男幹事長は「地方の党員票と国会議員票に乖離(かいり)があった。決選投票で地方の票が反映されるよう、規定の改正を強く要望する」と述べた。石川県連の紐野義昭幹事長も「党員一人一人の思いを大切にしてもらいたい」と指摘した。 これに対し、菅義偉幹事長代行は「次回の総裁選に向け検討する。その際は地方の代表にも意見を聞く」と応じた。