分子系統樹作成方法
分子系統樹の作成 １．近隣結合法による系統樹の作成とブートストラップ・テスト （1） MEGAメインウィンドウからデータファイルをオープンする。 （2） メインメニュから [Phylogeny]-[Construct Phylogeny]-[Neighbor-Joining(NJ)] をクリックする。 （3） DNA塩基配列（下図左）、タンパク質アミノ酸配列（下図右）のそれぞれ場合について系統樹を作成してみる。配列間の距離はp-distance （proportion of different sites）を用いる（一般的には多重置換を補正する他の方法の方がよいが、使用できない場合があるので、実習では常に使用できるp-distanceを用いる）。 補足： 進化距離の値をチェックするには、[Distances]-[Compute Pairwise] をクリックする。 [Compute] をク
NCBI ミニコース日本語版
"NCBI Mini Courses"は、米国立生物工学情報センター(NCBI)が公開している解析ツールや データベースの実践的な使用方法を紹介している教育サイトで、 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/minicourses/で 公開されています。 本サイトは、NCBI mini-coursesを日本語に翻訳し、JSTが独自に補足説明を加え、「NCBIミニコース日本語版」として公開しています。 NCBI mini-coursesは「疾患関連遺伝子の同定」のような問題解決型のテーマや 「Map Viewerクイックスタート」のようなNCBIで提供しているサービスについての講習会を全米各地で開催し、 その際の講習内容をウェブサイトで公開しています。 １コースは、１時間半の講義と１時間の実習から構成されています。 JSTではNCBImini-coursesのいく
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発現解析パイプラインを作るぞ！ その1： TopHat の使い方