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分子系統樹作成方法
分子系統樹の作成 1.近隣結合法による系統樹の作成とブートストラップ・テスト (1) MEGAメインウィ... 分子系統樹の作成 1.近隣結合法による系統樹の作成とブートストラップ・テスト (1) MEGAメインウィンドウからデータファイルをオープンする。 (2) メインメニュから [Phylogeny]-[Construct Phylogeny]-[Neighbor-Joining(NJ)] をクリックする。 (3) DNA塩基配列(下図左)、タンパク質アミノ酸配列(下図右)のそれぞれ場合について系統樹を作成してみる。配列間の距離はp-distance (proportion of different sites)を用いる(一般的には多重置換を補正する他の方法の方がよいが、使用できない場合があるので、実習では常に使用できるp-distanceを用いる)。 補足: 進化距離の値をチェックするには、[Distances]-[Compute Pairwise] をクリックする。 [Compute] をク