Windows XP で Stand-alone BLAST & BioPerl - 長期滞米研究者ネットワーク
最近の発表されたタンパク群のホモログが自分の扱っている生物種にあるか調べようと思ったのですが、数が多くて一つ一つウェブ上で BLAST をかけるのは面倒なので、思い切って Stand Alone BLAST と BioPerl をインストールしてみました。以下に、自分の覚書も兼ねてまとめてみました。コマンドプロンプトと Perl のごく基礎的な知識が必要です（ディレクトリを変えるとか、コマンドや Perl スクリプトの実行とか・・）。 注１： バックスラッシュが表示されないのでただのスラッシュにしてあります。読み替えてください。 注２： BioPerl の StandaloneBlast.pm は Linux で開発・動作確認されているので、Windows などで使うには（システムコールのあたり？）をいじる必要があるかもしれません（と書いてあります）。ただ、一番下に書いたスクリプトは問題な
遺伝子解析ツール集：ホモロジーサーチ
他の方法に比べて桁違いに高速であるBLAST法はホモロジー検索の方法としては最近もっともよく利用されている。以前はギャップを考慮しなかったためアミノ酸配列のホモロジー検索ではFASTAを使う人も多かったが、1997年よりギャップを考慮するようになった。NCBIで提供されているBLASTには、 Nucleotid BLAST（標準的なblastn、巨大な配列の場合に用いるMEGABLAST、短い配列に適したパラメーターがセットされたもの） Protein BLAST（標準的なblastp、弱い類似性の検索を高感度に行えるPSI- and PHI-BLAST、短い配列に適したパラメーターがセットされたもの） Translated BLAST Searches（自動的にアミノ酸に翻訳してホモロジー検索を行う。blanstx、tblastn、tblastxがある。） Search for cons
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