ああああ Rとigraphでなんちゃってネットワーク解析
前回のネタ、 エロゲー類似性ネットワークを複雑ネットワークで解析してみた のデータ解析方法についてのメモです。 ネットワーク解析をUbuntu Linux上のRとigraphを使って行いました。そのときのメモです。 RはSynapticからインストールします。 $ R と入力するとRが立ち上がります。 R上で、 > install.packages("igraph") と入力すると、igraphがインストールされます。 続いて、igraphのパッケージを使用します。 > library("igraph") データファイル(gml形式)の読み込みは、 > g <- read.graph("mygml.gml","gml") ここで、gmlファイルに directed 1 を記入しておかないと、有向グラフとみなしてくれないようです。 グラフの可視化は、 > plot(g) と入力。ただし、ノー
Cytoscape + R + igraph
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Welcome to igraph's new home
igraph – The network analysis package igraph is a collection of network analysis tools with the emphasis on efficiency, portability and ease of use. igraph is open source and free. igraph can be programmed in R, Python, Mathematica and C/C++. igraph R package python-igraph IGraph/M igraph C library python-igraph 0.9.6, the fourth bugfix release of the 0.9 series, has arrived. The preferred way of
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