Laboratory of Theoretical Medicinal Chemistry & Drug Design Department of Chemistry, Rikkyo (St. Paul's) UniversityPyMOLの使い方 (Command line) ■ PDB file と selector の関係 PyMOL の selector は PDB file を認識して分類している。よって selector を使いこなす為には、PDB file の中身を知る必要がある。 よってここでは各種 selector と PDB file 間の関係について説明する。 以下に PDB file の一部を示す(Fig. 0)。ここで必要となってくるのは“ATOM”の項なので、ここのパラメータについて説明する。 ATOM 項では 11 のカラムが存在する。(左から列番号、原子の分類、アミノ酸残基名、chain 名、アミノ酸残基番号、 座標パラメータ(x、y、z)、占有数、B-factor、原子名)これらのカラムを PyMOL 上で認識させるのが selector である。 つまり selector を上手
