第1話 ニコニコ生放送では、「ニンジャスレイヤー フロムアニメイシヨン」の上映会を行います。 本編終了後には、 エンディングテーマを担当するアーティストをゲストに迎えインタビューする、 深夜音楽番組アトモスフィアの無国籍バラエティー番組「ザ・TVショウ」もあわせてお送りします。 ニンジャ抗争で妻子を殺されたサラリマン、フジキド・ケンジ。 彼自身も死の淵にあったそのとき、謎のニンジャソウルが憑依。 一命をとりとめたフジキドは「ニンジャスレイヤー」 ――ニンジャを殺す者となり、復讐の戦いに身を投じる。 近未来都市ネオサイタマを舞台に、ニンジャスレイヤーvsニンジャの死闘が始まった。 マッポーの世に救いは無いのか? 走れ、ニンジャスレイヤー、走れ!
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