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Improved structural variant and comparative genomics visualization with linear, circular, dotplot, and synteny viewsSupport for many common data types including BAM, CRAM, tabix indexed VCF, GFF, BED, BigBed, BigWig, and several specialized formatsEndless extensibility with a plugin ecosytem which can add additional view types, track types, data adapters, and more!See a summary of new features and
Python for Biologists
Welcome to Python for biologists Here you'll find resources for learning to program in Python for people with a background in biology Now published: Biological Data Exploration. A complete guide to cleaning, manipulating and visualizing complex biological datasets with Python. If you're looking for the exercise files for any of my books, click here. If you want to get started with writing Python c
The Big Data Brain Drain: Why Science is in Trouble | Pythonic Perambulations
Update, August 2014: see Hacking Academia, my most recent reflection on this subject. Regardless of what you might think of the ubiquity of the "Big Data" meme, it's clear that the growing size of datasets is changing the way we approach the world around us. This is true in fields from industry to government to media to academia and virtually everywhere in between. Our increasing abilities to gath
RNA-Seqの数理―生成モデルによる発現量推定：アーカイブ - Wolfeyes Bioinformatics beta
この「RNA-Seqの数理」シリーズでは，次世代シーケンサを用いたRNA-Seqにおける発現量推定の数理モデルを理解することを目的とする． 副題にある「生成モデル」とは，観測データの生成過程を確率的にモデル化し，データが与えられたときの事後確率を用いて分類したいクラスや予測したい値を推定する方法のことを指す．今回のRNA-Seqにおける生成モデルでは，次世代シーケンサで読み取られた配列が，どのようにして細胞内のトランスクリプトームから実験によって読み取られて観測されたかという一連の流れを，生成モデルとして表現する．そして確率的なもっともらしさやパラメータの推定をおこない，トランスクリプトームの発現量を求める． このシリーズについて 次世代シーケンサによるRNA-Seqの発現量推定といっても，実験対象は大腸菌レベルから人に至るまでゲノムサイズや遺伝子数は多種多様であり，実験機器も各メーカーご
ROSALIND | About
About Learning bioinformatics usually requires solving computational problems of varying difficulty that are extracted from real challenges of molecular biology. To make learning bioinformatics fun and easy, we have founded Rosalind, a platform for learning bioinformatics through problem solving. Rosalind offers an array of intellectually stimulating problems that grow in biological and computatio
Exome解析入門
2012年7月7日に開催した、アメリエフ株式会社・第14回勉強会「Exome解析入門」のスライドです。Read less
0から始めるエクソームデータ解析
○サンプルデータを用いた解析 ○おわりに ○はじめに A.このサイトについて 下の図は、DNAシーケンサー1ランあたりで生成される遺伝子配列データ量の年次変化を示しています。 2005年から爆発的にデータ量が増えていることがひと目で分かると思いますが、これは、次世代シーケンサー技術の開発によるものです。 一方で、大量に生成されたデータを解析するための技術は、専門性が高まっており、必要な情報を集めようと思っても前提知識を要するものが多かったり、日本語の情報が少なかったり、という状況のため、やや敷居が高くなっている感があります。 本コンテンツでは、次世代シーケンサーのアプリケーションの一つである「エクソーム解析」の方法について、私自身、コマンドラインを使った解析についての知識が殆どない中から学んだ経験を生かして、できるだけ分かりやすく、解説したいと思います。 B.エクソーム解析とは 次世代シー
ROSALIND | Problems | Locations
Locations Rosalind is a platform for learning bioinformatics and programming through problem solving. Take a tour to get the hang of how Rosalind works. If you don't know anything about programming, you can start at the Python Village. For a collection of exercises to accompany Bioinformatics Algorithms book, go to the Textbook Track. Otherwise you can try to storm the Bioinformatics Stronghold ri
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GitHub - misshie/bioinformatics: Tools for bioinformatics
Books | Gene Ontology Consortium
Method: Get parent/child relationships from GO using a .obo flat-file - Next Genetics
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Loman Labs · Research group at the University of Birmingham
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Redirecting to the HADDOCK2.2 page
Credo: A Structural Interactomics Database for Drug Discovery
「バイオインフォマティクス人材に関するアンケート調査」の結果を公開いたしました。 - NBDC
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