首相は８日の衆院予算委員会で、森氏を巡り「私が進退を問題視すべきではない。組織委の中で決定してもらう」と話し、野党が森氏に辞任を促すよう求めたのに対し、自身は無関係であることを強調した。 首相は組織委の顧問会議議長でもあり、組織委の定款では、顧問会議は法人の運営に助言できる。加藤勝信官房長官は同日の記者会見で、首相が森氏の進退について助言する可能性を問われ「（組織委が）自ら判断すべきだ」と答えた。 日本学術会議の会員任命に関し、政府は過去の国会答弁で首相の任命を「形式的」と説明し、２００４年に「首相が任命を拒否することは想定されていない」との内部資料をまとめた。それでも、首相は昨年、会議側が推薦した候補のうち６人の任命を拒否。拒否理由は語らず、自らの判断であることを強調し続けた。

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2000年のシドニーから3大会連続でオリンピックに出場した為末大さんが2月8日、東京オリンピック・パラリンピック大会組織委員会の森喜朗会長の「処遇の検討を求めます」とする意見を発表した。 森会長は「女性がたくさん入っている会議は時間かかる」などと発言。謝罪・撤回したものの辞任は否定しており、その後のテレビ番組では撤回の理由について「撤回した方が早い」と語るなど、その後の対応にも批判が集まっている。