今朝この pull request がマージされていました。CRAN リリースがいつになるかはわかりませんが、便利そうな機能なのでちょっとだけ解説します。 続きを読む Shinylive は、R / Python でウェブアプリケーションを作るためのフレームワーク Shiny をブラウザ上で完結して動くようにするツールです。 先日の Japan.R でもLTがあったりして、認知が広がってきているのかなと思います。 そんな Shinylive は「ウェブブラウザで面白いことができるよ」という文脈で語られることが多いですが、Tidyverse blog のリリース紹介記事を読んでいると「再現可能性を担保するツール」という力点で語られていて、面白い観点だなと思ったので軽く紹介します。 (以下、製薬業界について詳しくないので、私の理解や用語が間違っているところがあればご指摘ください...!) 続き
R Core Team (R-core@R-project.org ) The R Project for Statistical Computing. Lijia Yu (yu@lijiayu.net / GitHub / Twitter) A master candidate majoring in Bioinformatics at Beijing Institute of Genomics. Karl Broman (kbroman@biostat.wisc.edu / GitHub / Twitter) Department of Biostatistics and Medical Informatics, University of Wisconsin-Madison; research in statistical genetics; developer of R/qtl (
R offers a wide range of functions for cluster analysis</a >, including hierarchical agglomerative, partitioning, and model-based approaches. Although there is no definitive solution for determining the optimal number of clusters to extract, several approaches are available. Data Preparation Prior to clustering data, you may want to remove or estimate missing data and rescale variables for compara
The cowplot package is a simple add-on to ggplot. It provides various features that help with creating publication-quality figures, such as a set of themes, functions to align plots and arrange them into complex compound figures, and functions that make it easy to annotate plots and or mix plots with images. The package was originally written for internal use in my lab, to provide my students and
(Rで)塩基配列解析 (last modified 2024/12/04, since 2010) このページは、RStudio (R含む)で生命科学系のデータ解析を行うためのテンプレート集です。このページに特化したチュートリアル(インストール | についてと基本的な利用法)を一通り実践した上でご利用ください。より一般的なチュートリアルは、教科書の付録ページ(←読込に時間がかからなくなりました)にあるR1.010とR1.020で提供しています(2023/04/01)。 アグリバイオインフォマティクス、@Agribio_utokyo、アグリバイオの教科書、(Rで)塩基配列解析のサブページ What's new? (過去のお知らせはこちら) 論文に出る遺伝子 デルジーン300(坊農秀雅 編)が2024年10月に出版されています。1遺伝子1ページで簡潔に書かれているので、特に生物の知識がそれほど
If your question is "how can I determine how many clusters are appropriate for a kmeans analysis of my data?", then here are some options. The wikipedia article on determining numbers of clusters has a good review of some of these methods. First, some reproducible data (the data in the Q are... unclear to me): n = 100 g = 6 set.seed(g) d <- data.frame(x = unlist(lapply(1:g, function(i) rnorm(n/g,
序論 Rでデータフレームを効率的に弄りたいです. plyrパッケージはとても優秀です. 使いましょう. doByパッケージもとても優秀です. 使いましょう. irisデータの処理 データフレームを処理する道具として, plyrパッケージを紹介します. みんな大好きirisデータで実験します. > data(iris) > head(iris) Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species 1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa 2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa 3 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa 4 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa 5 5.0 3.6 1.4 0.2 setosa 6 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa > unique(iris$Speci
Rのインストール R(アール)は統計・データ解析・統計グラフ作成のためのオープンソースソフトです。CRAN(「シーラン」または「クラン」、Comprehensive R Archive Network)のミラーサイト(日本では統数研 https://cran.ism.ac.jp/ など)からダウンロードし、インストールしてください。Windows用、Mac用、Linux用があります。 最近では下図のような RStudio(アール・スタジオ、英語の発音により忠実に書けばアール・ステューディオまたはアール・ストゥーディオ)という統合開発環境(IDE)を介してRを使う人が増えています。Download RStudio Desktop のページからダウンロードしてインストールします。 RStudio。左上ペインがソースエディタ(この図では隠れている)、左下がRコンソール、右上がグローバル環境のオブ
2019-06-28 Data Sciences for the Resilient Society 2018-07-10 f-lab2014 過去の講義 2018-02-25 ICPSR2009 2017-07-20 ベイズ統計演習2014_4 2017-02-28 空間モデリング特論2017 2016-02-26 Sports Data Science 2015 2016-01-11 環境とビジネスのデータサイエンス/空間モデリング(2015年度秋学期) 2015-11-02 空間モデリング2015演習ページ(2) 2015-10-11 環境とビジネスのデータサイエンス/空間モデリング(2015年度秋学期)(SFC-SFCに移動) 空間モデリング2015演習ページ(1) 2015-08-14 ベイズ統計演習2014_7 2015-06-22 環境とビジネスのデータサイエンス(2015年
Author:6- 10年にわたる学生生活に今年3月に別れを告げ → 私大非常勤講師 &博士(のら)→ 昨年8月から関東の某研究所のポスドクをしてます。 研究内容というより目標は… 人間以外の生物をより多く残すにはどうしたらいいか を考えてるってことで. 天気予報
さて、教師あり学習の方はひと段落ついたので、今度は教師なし学習の話をやっていこうかと思います。と言っても僕が知っている範囲でなおかつ常用するような教師なし学習はRでの実装が割と貧弱なので、シリーズとしてはあまり面白くない感じになりそうです(笑)*1。一応、単なるプランですが 階層的クラスタリング k-meansクラスタリング 主成分分析・独立成分分析 混合正規分布(EMアルゴリズム) 混合ディリクレ過程 あたりを取り上げれば良いのかなと思ってます*2。教師あり学習5編との比較のために、相変わらずサンプルデータにXORパターンとか使おうかなとは考えてますが、もしかしたら面白くないからとかいう理由でサンプルデータは変えるかもしれませんので悪しからず。 今回は階層的クラスタリングからいってみましょう。あれですよ、ウォード法とか出てくるアレです。僕は実は怠慢なのであまり教師なし学習に関する書籍は持
リリース、障害情報などのサービスのお知らせ
最新の人気エントリーの配信
処理を実行中です
j次のブックマーク
k前のブックマーク
lあとで読む
eコメント一覧を開く
oページを開く