Mathematical Annotation in R | Vistat
R Core Team (R-core@R-project.org ) The R Project for Statistical Computing. Lijia Yu (yu@lijiayu.net / GitHub / Twitter) A master candidate majoring in Bioinformatics at Beijing Institute of Genomics. Karl Broman (kbroman@biostat.wisc.edu / GitHub / Twitter) Department of Biostatistics and Medical Informatics, University of Wisconsin-Madison; research in statistical genetics; developer of R/qtl (
(Rで)塩基配列解析
(Rで)塩基配列解析 (last modified 2023/05/24, since 2010) このページは、RStudio (R含む)で生命科学系のデータ解析を行うためのテンプレート集です。このページに特化したチュートリアル（インストール | についてと基本的な利用法）を一通り実践した上でご利用ください。より一般的なチュートリアルは、教科書の付録ページ(←読込に時間がかからなくなりました)にあるR1.010とR1.020で提供しています(2023/04/01)。 アグリバイオインフォマティクス、@Agribio_utokyo、アグリバイオの教科書、(Rで)塩基配列解析のサブページ What's new? (過去のお知らせはこちら) アグリバイオインフォマティクスの教科書「Web連携テキスト バイオインフォマティクス」のページの読み込みに時間がかかる問題がありました。理由は1つの巨大な
Linux read file line by line: for loop
This article will introduce the concept of playing a file line by line in Linux with the help of examples and best user tips. We'll walk you through some of the most common errors made when reading a file on the Linux platform, and show you examples of how the for loop and while loop outputs differ. We'll also provide you with some tips and examples on how to initiate a loop, and how to use the wh
echoコマンドで改行やタブを扱うには@Linux bash
UNIX系OSでも最も有名な部類に入るコマンドechoは、引数の文字列や変数の中身を表示することができます。つまりCでいうprintf、JAVAでいうSystem.out.printlnみたいなものですね。 # echo "hoge" hoge 改行文字\nがあってもそのまま出力します。( 環境によっては、説明文は “\” 、コマンド例には”￥”と表示されますが、同じ文字です) # echo "hoge\nhoge" hoge\nhoge -eオプションによって\nは改行として扱われます。(これはbashの場合でDebianのdashの場合は最下位の追記を参照) # echo -e "hoge\nhoge" hoge hoge ただし、ここで一つ注意。ダブルクォーテーション がないと\がbashで解釈されて認識されません。 # echo -e hoge\nhoge hogenhoge \
R: Cross Tabulation and Table Creation
Cross Tabulation and Table Creation Description table uses cross-classifying factors to build a contingency table of the counts at each combination of factor levels. Usage table(..., exclude = if (useNA == "no") c(NA, NaN), useNA = c("no", "ifany", "always"), dnn = list.names(...), deparse.level = 1) as.table(x, ...) is.table(x) ## S3 method for class 'table' as.data.frame(x, row.names = NULL, ...
自作pmをuse libする - 半径5メートル
下にlibとかつくってそこにおいた自作pmをuseするとき、相対パスで呼び出してしまうと実行ディレクトリが違う場合（cronでまわしたりとか）に都合が悪かったりします。 そこで、以下のようにBEGINブロック内でスクリプト自身のパスをとってきてからuse libとかしてるんですが、このやり方おかしかったりしないんだろうか。もし、もっとこうした方がいいとかあればぜひお教え下さい。 ├ main.pl ├ lib └ Hoge └ Foo.pm#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use File::Basename; my $w_dir; BEGIN { $w_dir = dirname $ENV{_} } use lib "$w_dir/lib"; use Hoge::Foo; my $foo = Hoge::Foo->new("tester0
biopapyrus | 風ふけば蓮の浮き葉に玉こえて 涼しくなりぬ日ぐらしの声
R / statistical and graphical techniques, statistical tests, GLM
Turning off some legends in a ggplot
Suppose I have a ggplot with more than one legend. mov <- subset(movies, length != "") (p0 <- ggplot(mov, aes(year, rating, colour = length, shape = mpaa)) + geom_point() ) I can turn off the display of all the legends like this: (p1 <- p0 + theme(legend.position = "none")) Passing show_guide = FALSE to geom_point (as per this question) turns off the shape legend. (p2 <- ggplot(mov, aes(year, rati
How to wait in bash for several subprocesses to finish, and return exit code !=0 when any subprocess ends with code !=0?
How to wait in a bash script for several subprocesses spawned from that script to finish, and then return exit code !=0 when any of the subprocesses ends with code !=0? Simple script: #!/bin/bash for i in `seq 0 9`; do calculations $i & done wait The above script will wait for all 10 spawned subprocesses, but it will always give the exit status 0 (see help wait). How can I modify this script so it
%2F)
Axes (ggplot2)
Problem Solution Swapping X and Y axes Discrete axis Changing the order of items Setting tick mark labels Continuous axis Setting range and reversing direction of an axis Reversing the direction of an axis Setting and hiding tick markers Axis transformations: log, sqrt, etc. Fixed ratio between x and y axes Axis labels and text formatting Tick mark label text formatters Hiding gridlines Problem Yo
ベン図の要素 - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備
ベン図を描いていたのだが、各要素がどこに所属するか、Rに入ってない(!?!?)。 というわけで無理矢理作った。 library(gplots) # venn の example から oneName <- function() paste(sample(LETTERS, 5, replace=TRUE), collapse="") geneNames <- replicate(1000, oneName()) GroupA <- sample(geneNames, 400, replace=FALSE) GroupB <- sample(geneNames, 750, replace=FALSE) GroupC <- sample(geneNames, 250, replace=FALSE) GroupD <- sample(geneNames, 300, replace=FALSE) i
Smalltalk - Wikipedia
Smalltalk（スモールトーク）は、Simula のオブジェクト（およびクラス）、LISPの徹底した動的性、LOGO のタートル操作や描画機能に、アラン・ケイの「メッセージング」というアイデア[2]を組み合わせて作られたクラスベースで手続き型の純粋オブジェクト指向プログラミング言語、および、それによって記述構築された統合化プログラミング環境の呼称。 Smalltalk で一語であり、「Small Talk」「SmallTalk」などは誤りである。 大規模な開発実績としてはCargill Lynx Project[3]があり、国産製品の開発実績としてはMCFrameがある。 概要[編集] 開発の経緯[編集] ゼロックスのパロアルト研究所（PARC）で1970年代に約10年かけ3世代（Smalltalk-72、76、80）を経て整備された。当初は、ダイナブックである Alto（アルト） の
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