意味の違いについて気にする必要はないです。二つとも最後の挨拶のセットフレーズです。 普通、"Sincerely" は、相手との関係がbusiness-to-businessである場合に使います。 "Best regards" や "Kind regards" や "Warm regagrds" は、person-to-personの 関係がある場合に使います。 つまり、メールの内容が仕事の話でも、仕事上の友人(知人)という気持ちがあるなら "Sincerely"より "Best regards" のほうが良いでしょうね。