Cytoscapeやネットワーク解析・可視化に関する情報の集め方 - Qiita
Cytoscapeやネットワーク解析と可視化に関する情報リソース これは昨日の記事を読んでこういったものを実際に作ってみたいと思われた方に向けての補足です。とても基本的な情報ばかりですので、経験者の方には少々物足りないと思いますが… はじめに データ可視化という分野の中で、ネットワークの可視化は比較的ポピュラーな手法ですが、実務家向け（最新の計算機科学の研究論文ではなく、実務寄り、つまり実際にデータ解析を行う人々向け）の最新の情報は、あまりまとまった形で入手する事ができません。そして残念ながらほとんどの文献は英語で書かれています。ここでは、実際にネットワーク分析と可視化を行ってみたい方々に向けて、Cytoscape関連のリンクを中心としたいくつかのポインタを集めてみたいと思います。 Cytoscapeの情報 Cytoscape公式サイト コンソーシアムが管理する公式のサイトです。最新版はこ
Newman アルゴリズムによるソーシャルグラフのクラスタリング
昨今よく耳にするキーワード「ソーシャルグラフ」。その可能性・活用方法について様々な企業に注目されています。今回はその「ソーシャルグラフ」を「どうすればクラスタリングできるのか？」という観点で、グラフに対するクラスタリングの基礎を説明いたします。また、具体的なクラスタリング手法として Newman アルゴリズムをご紹介いたします。Read less
Cayley: graphs in Go
The latest news from Google on open source releases, major projects, events, and student outreach programs. Four years ago this July, Google acquired Metaweb, bringing Freebase and linked open data to Google. It’s been astounding to watch the growth of the Knowledge Graph and how it has improved Google search to delight users every day. When I moved to New York last year, I saw just how far the co
Dracula Graph Library
Dracula.js is a set of tools to display and layout interactive connected graphs and networks, along with various related algorithms from the field of graph theory. Just plain JavaScript and SVG. The code is released under the MIT license, so commercial use is totally fine. Creating a graph is simple! You also can customize anything easily. The code: var g = new Dracula.Graph(); g.addEdge("strawber
Cytoscape and the Web
Introduction to the new feature for Cytoscape 3.1: export data to Cytoscape.js.Read less
Cytoscape.js
Introduction Factsheet A fully featured graph library written in pure JS Permissive open source license (MIT) for the core Cytoscape.js library and all first-party extensions Used in commercial projects and open-source projects in production Designed for users first, for both frontfacing app usecases and developer usecases Highly optimised No external dependencies Compatible with All modern browse
RAWGraphs
Open sourceInspired by and built on top of open source projects. RAWGraphs is open to the community for contributions. A wide range of chartsAlmost 30 visual models to visualize quantities, hierarchies, time series and find insights in your data. Your data is safeEven though RAWGraphs is a web app, the data you insert will be processed only by your web browser.
Global vs. Local Graph Ranking | Marko A. Rodriguez
Graph ranking algorithms are all about mapping a complex graphical structure to a numeric vector. For a given algorithm, a single numeric value in the resultant vector corresponds to the score of a particular vertex in the graph. In code, the previous structures are defined below using Groovy and Blueprints. def g = new Neo4jGraph('/tmp/neo4j'); // the graph def m = new HashMap<Vertex,Double>(); /
Bioclipse
Bioclipse 2.6.2 released! Nov 4, 2016: Bioclipse 2.6.2 is now released and available for download from SourceForge. The release contains bugfixes and compatibility improvements. The original 2.6 release brought new features and bug fixes in cheminformatics and drug discovery, including improved QSAR functionality, site-of-metabolism prediction, semantic web functionality, browsing of large compoun
Handbook of Graph Drawing and Visualization
Handbook of Graph Drawing and Visualization Roberto Tamassia, Editor CRC Press June 24, 2013 Chapters # Title Authors Pages Draft Date Status P Title and preface Roberto Tamassia 10 PDF 6/24/13 camera ready C Contents Roberto Tamassia 4 PDF 6/24/13 camera ready 1 Planarity testing and embedding Patrignani 42 PDF 6/24/13 camera ready 2 Crossings and planarization Buchheim, Chimani, Gutwenger, Jueng
Graph Databases, published by O'Reilly Media
O'Reilly Graph Databases The Definitive Book of Graph Databases. Download your FREE copy Discover how graph databases can help you manage and query highly connected data. With this practical book, you’ll learn how to design and implement a graph database that brings the power of graphs to bear on a broad range of problem domains. Whether you want to speed up your response to user queries or build
Facebook、「Graph Search」を発表--ユーザーに関連性高い人、写真、場所などを検索
UPDATE Facebookの最高経営責任者（CEO）を務めるMark Zuckerberg氏は米国時間1月15日、メンロパークにある同社本社で開催された報道陣向けイベントで、「Graph Search」を発表した。Facebookユーザーに最も関連性の高い人々、写真、場所、興味対象を検索する新しい方法であるという。 Graph Searchは、10億人のユーザー、2400億枚の写真、1兆件のつながりからなるFacebookの大規模な基盤をユーザーにとって意味あるものにするため、同ソーシャルネットワークが提供する最新の機能である。同ツールは、人々、写真、場所、興味対象に関する質問への回答をユーザーに提供することを目的とする。Zuckerberg氏は、15日に少数のユーザーを対象にGraph Searchを提供開始し、しばらくはデスクトップ上で英語版のみを提供すると述べた。 構造化されたこ
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Build a Small Knowledge Graph Part 2 of 3: Managing Graph Data With Cayley
Software Framework for Signing Graph Data - ICP Wiki
A Network Analysis of Dutch Regulations - Using the Metalex Document Server
The Day the Knowledge Graph Exploded (+50.4%)
Moviegalaxies - Welcome
Minting RDF from CSV files with Bioclipse #MIILS2013
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