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ナシは同じ品種間で結実しない(自家不和合性)だけでなく、違う品種間でも結実しない(交配不親和性)組み合わせが多い。これらはS因子という遺伝子によるもので、S1 - S9の9種類が存在する。通常の細胞には2つのS因子があり、花粉や卵細胞はそのいずれか一方を持つ。受粉時に雌蕊のS因子の一方と花粉のS因子とが一致した場合には、S因子が一致する花粉管のRNAが分解される。これは雌蕊側のS-RNase(S因子産物)の働きによるもので、結果として花粉管が伸長せずに受精に至らず、結実しないのである。 S因子型が完全に一致する場合 二十世紀の花(S2S4)に、祇園の花粉(S2またはS4) - 交配不能 祇園の花(S2S4)に、二十世紀の花粉(S2またはS4) - 交配不能 S因子の片方が一致する場合 二十世紀の花(S2S4)に、幸水の花粉(S4またはS5) - 交配可能 幸水の花(S4S5)に、二十世紀の
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