Galaxyを使い倒す特定の転写因子予測結合領域と遺伝子上流領域の「交差点」をリストアップする
Galaxyは、Penn State University Center for Comparative Genomics and Bioinformaticsで開発されているゲノムデータの統合解析のためのメタサーバー(Metaserver for integrative analysis of genomic data)です。これを使うといろいろなことができますが、今回はDBCLSで公開予定のGalaxyサーバーを利用して、特定の転写因子予測結合領域と遺伝子上流領域の「交差点」をリストアップする方法を紹介しています（20090422追記：こちらのサーバーはログインを要求されるので、一時的に試す場合は本家のサーバーを利用するとよいでしょう）。具体的には、Galaxy のインターフェースから UCSC Table Browser（以前に統合TVでも「UCSC Table Browserを使い
Galaxy Community Hub - Galaxy Community Hub
This content has a new home at https://docs.galaxyproject.org/en/latest/admin/cluster.html. You will be redirected in 5 seconds. Cancel This page has been migrated to the Galaxy docs, please check there for up-to-date information. usegalaxy.org is supported by NIH and NSF Grants HG006620, 1661497, and 1929694. Computational resources are provided by the Advanced Cyberinfrastructure Coordination Ec
アメリエフのブログ | バイオインフォマティクス
学生時代に研究していた植物のタンパク質には、2つの名前がありました。 そのタンパク質をつくる遺伝子をノックアウトすると起きる現象由来の名前と、タンパク質の機能由来の名前です。そのタンパク質の研究は、ノックアウトにより起きる現象から始まったため、前者のほうが歴史的に使われている名前なのですが、後者の方がタンパク質の性質を表す適切な名前、ということで2つの派閥があったようです。 2つも名前があるなんて、ややこしいなと思っていました。 ゲノムの世界でも似たようなことがありました。 主に使われているリファレンスゲノムには、Genome Reference Consortiumが配布しているものとUCSC Genome Browserが配布しているものがありますが、これまでは、両者のbuild番号はたとえばヒトではGRCh36/hg18やGRCh37/hg19と、大きく隔たっていました。
Galaxyに入門してみた #1 - kouchanの日記
bio, python | 10:51 | 今更ながらGalaxyに入門してみました。まだよくわかってないことも多いですが、とりあえずサーバを動かすとこまで漕ぎ着けたので作業ログを残しておきます。Galaxyは一応out-of-the-boxで立ち上げられるように作られていますが、あくまでそれはお一人様用という位置付けで、複数人で利用する場合にはそれなりにきちんと環境構築してやる必要があるようです。Admin/Config/Performance/Production Server - Galaxy Wikiによると、パフォーマンスを向上させてマルチユーザに対応するためにはデータベースをデフォルトのSQLiteからMySQLに変更 組み込みWebサーバのフロントにApacheを配置してリバースプロキシ化Sun Grid Engineでクラスター環境を構築して、Galaxyサーバからジョブの
1
リリース、障害情報などのサービスのお知らせ
最新の人気エントリーの配信
処理を実行中です
j次のブックマーク
k前のブックマーク
lあとで読む
eコメント一覧を開く
oページを開く
Microsoft PowerPoint - atsuko-20131119.pptx
