gitのサブモジュールってバージョンによって削除の方法が違う。 サブモジュールのリポジトリのルートからの相対パスが path/to/submodule の場合、リポジトリのルートで次のようなコマンドを実行すればいいと思う。 v1.8.5以上 $ git submodule deinit path/to/submodule $ git rm path/to/submodule $ rm -rf .git/modules/path/to/submodule v1.8.3以上v1.8.5未満 $ git submodule deinit path/to/submodule $ git config -f .gitmodules --remove-section submodule.path/to/submodule $ git rm path/to/submodule $ rm -rf .git