MySQLのデータディレクトリの初期化にはこれまで mysql_install_db が使われてきましたが、MySQL 5.7からは mysqld --initialize を使うことが推奨されています。 mysqld --initialize は datadir 配下にファイルやサブディレクトリがあるとエラー終了します。 # mysqld --initialize --user=mysql 2016-10-04T11:39:01.313174Z 0 [ERROR] --initialize specified but the data directory has files in it. Aborting. 2016-10-04T11:39:01.313222Z 0 [ERROR] Abortingなので datadir をスッカラカンにして再度実行してみます。my.cnf はこんな内容