汎用最適化関数 optim | R の optim 関数で準ニュートン法や共役勾配法などによるパラメーター推定
2018.01.27 R の optimize 関数が変数を 1 つだけもつ目的関数の最適化に用いるのに対し、変数が 2 つ以上のときも利用できるのが optim 関数である。 正規分布のパラメーター推定 正規分布のパラメーターとして平均と分散の 2 つある。optim 関数を利用して、最尤推定法によりパラメーターを推定する例を示す。まず、平均 10、分散 5 の正規分布に従う乱数を 100 個生成し、変数 y に格納する。 y <- rnorm(100, mean = 10, sd = 4) 次に正規分布のパラメーター推定時に用いる対数尤度関数を作成する。パラメーターを x とし、x[1] を平均、x[2] を分散とする。 loglikelihood <- function(x, y) { - sum(0.5 * (y - x[1]) ^ 2 / x[2] + 0.5 * log(x[2
文字列 | R で文字列の切り出しや置換などの文字列処理を行う方法
2017.12.23 R は計算をメインに行う統計解析用だが、文字列の切り出しや置換などの文字列処理を行う関数も用意されている。文字列の分割や正規表現を用いたパターンマッチングなども行える。 文字列マッチング関数 文字列のパターンマッチは grep と regexpr を利用する。一方、完全一致による文字列マッチングを行う場合は match または charmatch を利用する。 パターンマッチ grep regexpr grep はマッチしたかどうかを返すのに対して、regexpr はマッチした位置やマッチした長さなどを返す。grep と regexpr のパターンには正規表現を用いることができる。 files <- c("NM20001.gb", "NN30012.gb", "NM20111.fa", "NM20121.fa") #「.gb」で終わる要素を検索 grep("\\.gb
1
リリース、障害情報などのサービスのお知らせ
最新の人気エントリーの配信
j次のブックマーク
k前のブックマーク
lあとで読む
eコメント一覧を開く
oページを開く
