ラボを立ち上げます
ひさびさのブログ更新です。明日は年度の始めで忙しそうなので、今日書いておきます。 2013/03/31をもちまして理研CDBを退職しました。4/1からは埼玉県和光市にある、理研本所の情報基盤センターにて、バイオインフォマティクス研究開発ユニットという研究室をユニットリーダーとして主宰することになりました。 DNAシーケンスのデータ解析の手法、ソフトウェア、そして実験技術の開発を中心に研究を進めつつ、理研内外の実験生物学者と共同で生命科学の問題を解いていきます。また理研のバイオインフォマティクスをどのように支え、発展させていくかを考えることも求められています。みなさまのお力をお借りすることもあるかと思いますので、これからもどうぞよろしくお願い致します。 ラボの公式ウェブサイトは以下にあります。 独立行政法人 理化学研究所 情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット
Rパッケージが Bioconductor に採択されるまでの顛末
R には CRAN というパッケージ集がありますが、ライフサエンス分野専門のパッケージ集に Bioconductor というものがあります。Core developer team のメンバーは、Rの core developer team と一部メンバーが被っています。 Bioconductor は CRAN と比較すると、詳細なコードレビュー/ドキュメンテーション(もちろん英語の)が必要など、わりと厳しめの採択基準があります。これまで、日本人でBioCに採択された人がいなく情報があまりませんでした。このたび、BrainStars for R というパッケージが Bioconductor 2.10 に採択され公開されました。その顛末を公開して、日本のすぐれたプログラムが Bioconductor に採択されることをエンカレッジできればと思います。 開発 このあたりは、BioCのパッケージガ
ゲノム可視化に関するR+Bioconductorのパッケージ
From Evernote: ゲノム可視化に関するR+Bioconductorのパッケージ 個々のツールにも可視化の機能があるが、ここではゲノムの可視化を専門とし、特定のアプリケーション(RNA-seq, ChIP-seq, microarray, CNV など) に依存せずに、汎用的に活用できるパッケージを紹介する。 GenomeGraphs Plotting genomic information from Ensembl http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GenomeGraphs.html 既知のゲノム・遺伝子構造などを Ensembl biomart から biomaRt を使って取ってきて、いろいろなプロットできる。もちろん自分の実験データ(シーケンスや microarray など)のプロットもできる。
R でいまどきなパッケージ開発 (devtools, testthat, roxygen2)
追記 (2012/04/21): 以下のコードは S4 classes で書いていますが、R5 reference classes で書き直してみました。こちらもどうぞ。http://blog.hackingisbelieving.org/2012/04/r5-reference-class-r-devtools-testthat.html R のパッケージ開発の情報があまりないので、自分はこんな感じでやってます、というのを書いてみます。パッケージ開発支援の devtools と単体テスト支援の testthat, そしてドキュメント生成支援の roxygen を使うのがいまどきっぽいです。 そもそもパッケージを作製しているひとをあまりみたことがないので、もっとこうすべき、というのがあれば教えてほしいです。 今回はデモケースとして S4 OOP で、Idol クラスを定義し、とある身体的特
RNA-seq から発現量が変動した遺伝子をどのように得るか
RNA-seq のデータから、統計的に有意な変動を示す遺伝子をどのように得るか。Microarray ときにも散々議論されましたが、RNA-seq でも同じく議論になっています。現在提案されている手法についてまとめてみました。 まだ全部には目を通せてません。すべて読んだ後に解説を書くかもしれませんが、網羅している自信がないので、先にリンクを列挙しておきます。主に論文とツールのソースコード、マニュアルなどです。ほかに情報をお持ちの方は教えてくださいな。 1. cufflinks と cuffdiff http://cufflinks.cbcb.umd.edu/howitworks.html の後半に cuffdiff の説明がある。 FPKM Trapnell C, Williams BA, Pertea G, Mortazavi AM, Kwan G, van Baren MJ, Salz
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