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クラークは、1991年に ISO において SGMLのスタイルシート言語である DSSSLの標準を策定する作業に参加し、その仕様の大部分を作成した。DSSSLは、1996年にISO/IEC 10179:1996として規格が定められた。 クラークは、SGML文書の処理を支援するいくつかのオープンソースのソフトウェアを開発した (後述)。 またクラークは、SGMLを次の項で述べるXMLと互換性をもたせるために、SGMLの仕様を改訂する作業を行った一人である。 クラークはW3C (World Wide Web Consortium) のXMLワーキンググループに参加し、技術リーダとして、ジョン・ボサックやティム・ブレイ、村田真などの人々とともに、マークアップ言語 XML1.0の仕様を設計した。XML1.0の仕様はSGMLのサブセットとなっている。1998年2月にW3Cから勧告として公表された。
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