Macでバイオインフォマティクスuse Bio::DB::Fastaを使って、FASTAファイル中から指定したIDの配列をFASTA形式で出力させます。 サンプルではスクリーン出力にしてあります。 #!/usr/bin/perl use Bio::SeqIO; use Bio::DB::Fasta; #スクリーンに出力 $seq_out = Bio::SeqIO->new(-fh => \*STDOUT, '-format' => 'fasta'); $file = "sample.fasta"; $id = $ARGV[0]; $db = Bio::DB::Fasta->new($file); $seqobj = $db->get_Seq_by_id($id); $seq_out->write_seq($seqobj); ClustalWで大量の配列のアライメントをしようと思うと、かなりの時間がかかりますが、FastA
