昨年の論文をふりかえる - DO++
新年すっかりあけてました。 今年もよろしくお願いします。 年末年始はドタバタして昨年を振り返られなかったのですが、せっかくなので2008年に読んだ論文で私個人のベスト５を以下に列挙してみます。 D. Sontag, et. al. "Tightening LP Relaxations for MAP using Message Passing", UAI 2008 [pdf] Graphical ModelのMAP推定問題で従来解けなかった規模の複雑さの問題を高速にしかも最大であるという保障付きで解けるようにした。書いたメンバーはこの問題に関するオールスターのような感じ。解く問題は、n個の頂点からなるグラフで、各頂点には変数x1...xnがついていて、各頂点と各枝に対し関数gi(xi)、gij(xi,xj)が与えられた時、∑i gi(xi) + ∑ij gij(xi,xj)が最大となるよう
BWTとInduced Sorting - 気ままなブログ
BWT(Burrows Wheeler Transform)を行うプログラムをJavaで書いてみた。一応、Unicodeのサロゲートペアの範囲でも問題なく動くので、あらゆる言語に適応できる。 BWTは、Suffix Arrayから定義に従って構築している。なので、実質的なメモリ使用量や構築時間は、Suffix Arrayのメモリ使用量や構築時間に依存する。 Suffix Arrayの構築にInduced Sortingを使ってみた。参考にしたものを以下に示します。 高速文字列解析の世界――データ圧縮・全文検索・テキストマイニング (確率と情報の科学) 作者: 岡野原大輔出版社/メーカー: 岩波書店発売日: 2012/12/27メディア: 単行本購入: 14人 クリック: 314回この商品を含むブログ (3件) を見る 原文: http://www.cs.sysu.edu.cn/nong/i
Suffix Array を作る - SA-IS の実装
Suffix Array は今若者の間で人気のデータ構造です． マイ suffix array を実装することで，オシャレ度がアップしてモテ系になり，女子力も上がると言われています． その中でも今特に，手軽でクールな SA-IS (アルファベットサイズ固定の下で線形時間で省メモリで suffix array が作れる今最強のアルゴリズム) の実装がブームです． 僕もブームに便乗して，実装してみました． ところで，SA-IS は流行っているので，日本語でもすでに様々なところで記事が書かれています (日付順)． SAIS(Suffix Array - Induced Sorting) - EchizenBlog-Zwei SA-IS: SuffixArray線形構築 - sileの日記 SA-IS - (iwi) ｛ 反省します - TopCoder部 接尾辞配列(Suffix Array)の
Burrows-Wheeler変換の線形時間アルゴリズム - DO++
研究紹介です。今夏のSPIRE 2009という学会で "A Linear-Time Burrows-Wheeler Transform using Induced Sorting", D. Okanohara, K. Sadakane, SPIRE 2009 pdf(draft) というのを発表します。これは与えられた文字列に対し接尾辞配列を経ないでBurrows-Wheeler変換を直接行うというもので、アルファベットサイズによらず入力長に対して線形時間で行えます。基本的なアイディアは昨年のInduced Sortingによる接尾辞配列の線形時間構築アルゴリズム（いわゆるSAIS）を接尾辞配列を使わないでシミュレートするものです。pushとpop操作だけからなり、そのまま外部記憶上での構築とかにも対応できるようになっています。 Burrows-Wheeler変換（BWT, Block S
Suffix Array(接尾辞配列)を学びたい人のためのリンク集 - EchizenBlog-Zwei
私がCompressed Suffix Arrayを学ぶのに参考にした資料へのリンクをまとめてみた。 CSAだけじゃなく、これからSuffix Arrayを学ぶ人にも便利かもしれない。 解説記事 # ［を］ Perl による Suffix Array の実装] SUFARYの開発者、たつを氏による解説 perlで20行くらいでSuffix Arrayが作れる 入門用におすすめ # DO/Suffix Array 岡野原氏によるSuffix Arrayの解説記事 高速化などの高度な話題が豊富 中級者向け # white page Suffix Arrayのリンク集が充実 多くのライブラリが公開されている ツール・ライブラリ # SUFARY 臨時復旧ページ たつを氏によるSuffix Arrayライブラリ 非常に使い勝手が良い # sary: Suffix Arrayのライブラリとツール 高
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