pubchemのクラスタリングの結果をcytoscapeで見てみたpubchemはクラスタリングの結果をgml形式でダウンロードできるので、それをcytoscapeで読み込んで解析することができる。早速データをとってくる。benzothioleで検索すると大体3000件くらいヒットするのでこれをクラスタリングしたものをgmlでダウンロードして、cytoscapeで読み込んでみた。 適当に描かせて眺めてみる。なんかネットワークっぽくなってますの。 さらに、ズームしてみる。 うーん、クラスタリングの結果を見てもちょっと面白くない。むしろ部分構造(MCS：Maximum Common Substructure)から構築したネットワークのほうがわかりやすいだろうな。 あとは、合成の時系列でネットワークをつくればいいと思うが、その場合、元々参考にした化合物の構造への情報をケミストから聞かなきゃいけないのでちょっとめんどいなぁ。 ということはpatentか？あれは先
