米Microsoft、オープンソースのバイオインフォマティクス向けツールキットを公開 | OSDN Magazine
米Microsoftは7月15日、オープンソースのバイオインフォマティックス・ツールキット「Microsoft Biology Foundation（MBF）」を公開した。まずはゲノム解析・研究をターゲットにするという。 MBFは、Microsoftの研究機関であるMicrosoft Researchで研究が進んでいる言語独立型のバイオインフォマティックスツールキット。拡張性、クロスプラットフォームなどの特徴を持つ。Microsoft Researchは、MBFと「Microsoft Biology Tools（MBI）」の2つの柱を持つ「Microsoft Biology Initiative」を展開している。 「.NET Framework」の拡張として構築されており、バイオインフォマティックスのファイルフォーマット向けパーサー、DNA、RNA、たんぱく質配列を操作するアルゴリズム、生
ゲノム解析ツール リンク集
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Top 15 Bioinformatics Blogs in 2010 | Knowledge beyond words
Top 15 Bioinformatics Blogs in 2010 March 22nd, 2010 | Valentin | Blog coverage, Resources | Tags: bioinformatics, biology, blog, genomics, novoseek, twitter As we know, Bioinformatics is the application of information technology and computer science to the field of molecular biology. Its main purpose is to increase our understanding of biological processes, which is why bioinformatics is constant
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次世代シークエンサ(NGS)解析で使われるソフトの簡単なまとめ - Loud Minority
2010/5/25．EST assemblerのViewerに関して追記 2010/6/9. ちょいちょい追記しています． 2010/7/26. ちょいちょい編集しました． 少し調べたのでまとめを晒してみる．比較的よく使われて沿うなソフトをまとめてみました．既に解析をガシガシやられている先人の方から，こんなソフト使ってるよーとか，そんなん使わん，とか突っ込み歓迎です．あとソフトが見つからないところが有るので，補完コメントいただけると助かります． 主に2つの用途があると思います． ゲノム配列既知の種にNGSで読んだshort readをmapping ゲノム配列未知の種からNGSで読んだshort readのESTをアセンブル (注)NGSの機材のメーカーIllumina/SOLiD/454によっても利用できるソフトウエアが変わります*1が，以下では一緒くたにして書いてあるので注意してくださ
Tablet : Information & Computational Sciences
Tablet Tablet is a lightweight, high-performance graphical viewer for next generation sequence assemblies and alignments. Visit the download page to get the latest version of Tablet (1.21.02.08; 8th February 2021). Please cite: Milne I, Stephen G, Bayer M, Cock PJA, Pritchard L, Cardle L, Shaw PD and Marshall D. 2013. Using Tablet for visual exploration of second-generation sequencing data. Briefi
Microsoft – クラウド、コンピューター、アプリ & ゲーム
すべての Microsoft 製品 Global Microsoft 365 Teams Copilot Windows Surface Xbox セール 法人向け サポート ソフトウェア Windows アプリ AI OneDrive Outlook Skype OneNote Microsoft Teams PC とデバイス Xbox を購入する アクセサリ VR & 複合現実 エンタメ Xbox Game Pass Ultimate Xbox Live Gold Xbox とゲーム PC ゲーム Windows ゲーム 映画とテレビ番組 法人向け Microsoft Cloud Microsoft Security Azure Dynamics 365 一般法人向け Microsoft 365 Microsoft Industry Microsoft Power Platform W
統合TV(^^v
生命科学分野における有用な情報を紹介するウェブサイトです。 だれでも自由に閲覧し再利用することができます。 ・データベースやツールの動画マニュアル ・講演や講習会動画、資料 ・イラスト
生命情報学系論文誌の傾向と対策 - Loud Minority
幸せなバイオインフォマティクス研究生活を送るために、論文誌の傾向と対策です。 バイオインフォマティクス（生命情報学、生物情報学）分野は幅広い生命科学分野をカバーしているので雑誌によって傾向があります。その傾向をまとめてみました。円の大きさは、その雑誌に載ったときの社会的なインパクトの大きさです。バイオインフォ関係の論文が掲載される雑誌は数多ありますが、ここで選択したのは以下の基準で選びました。 生物実験無しでコンピュータ及び数式的な解析だけで載る可能性が有る 種や現象に偏りすぎていない（そのため遺伝学系の雑誌や植物など種を特定したものを省いてあります） ざっくりとした傾向として、 一般的なキャッチーさが求められる雑誌 Nature, Science, Nature系列(Biotechnology, Genetics, Methods), Cell(上記図に忘れています), PNAS 生物学
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110 細胞工学 Vol.28 No.2 2009 ■表1 ncRNAのカテゴリー分類 non-coding RNAとは？ ポストゲノム時代に突入し，新たに現れてきたものとして “non-coding RNA”が注目を集めている．non-coding RNA （ncRNA）とは，“タンパク質をコードしないRNA”の総称 であり，広義にはリボソームRNA（rRNA），トランスファー RNA（tRNA）も含まれるが，昨今巷を賑わしているncRNA とは，今世紀に入って多数発見されたmicroRNA（miRNA） などの低分子ncRNAと，ポストゲノム解析の結果現れてき た有意な翻訳読み枠を持たないmRNA型ncRNA（長鎖 ncRNA）を指す（表1）．これらのncRNAが，タンパク質機 能を中心に発展してきたこれまでの生物学の世界に新風を吹 き込むのではないか，という期待が満ちている． これ
情報系の人が生命科学者のモチベーションを知るのに有用かもしれない統合TV 10選 - Loud Minority
Entrez SNP を使い倒す（前編）PubMed/OMIMへの扉をひらく Entrez SNP を使い倒す（後編）下戸遺伝子の多型をさぐる 新たなる有用遺伝子候補を探索する 高速アラインメントツールBLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す2009 遺伝子発現データの活用事例 biomartを使い倒す〜遺伝子の上流配列を取得する〜2009 Biomartを使い倒す-マイクロアレイprobeIDの対応表を作る Gene Ontologyを使って特定遺伝子の機能情報を検索する OMIMを使い倒す 家族性乳がんの関連遺伝子をさぐる RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる おまけ． Galaxyを使い倒す-特定の転写因子予測結合領域と遺伝子上流領域の「交差点」をリストアップする 自然言語処理技術の活用実例
Japanese Society for Bioinformatics - JSBi :: ホーム
【公募】理化学研究所 生命機能科学研究センター 発生動態研究チーム 研究員、特別研究員またはリサーチアソシエイト
統合データベースプロジェクト
© ライフサイエンス統合データベースセンター/大学共同利用機関法人 情報･システム研究機構 統合データベースプロジェクト 知のめぐりのよい ライフサイエンスを目指して 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構（ROIS) ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS) 坊農 秀雅 Based on the talk presented at 統合データベースプロジェクトシンポジウム2009 http://togodb.dbcls.jp/symposium2009/show/6 坊農秀雅（ぼうのうひでまさ） ライフサイエンス統合データベースセンター特任准教授 埼玉医科大学ゲノム医学研究センター助教授(03/4-07/6) その前の3年間、理化学研究所ゲノム科学総合研究センター 基礎科学特別研究員(00/4-03/3) マウスの遺伝子機能アノテーション(FANTOM) 京都大学化
今後投資すべきか、検討する必要のありそうな技術 - Viz/Sci/Dev Log
当たり前ではあるけど、相変わらず計算機分野の技術の流行り廃りは激しい。とてもじゃないが一人の人間、もしくは小さなチームが全部の流行を追う事は不可能。そこで自分の関わる分野に役立ちそうなものをピックアップしてみた。 まず、今ユーザー（生物学者と医師）から出ている課題： 生物学は、各コンポーネント（遺伝子など）を見る時代から、それらの関係性を見る時代に確実にシフトしている。しかし、関係性を見ると言ったところで、フラットなPPI等を眺めるだけで得られる知見には自ずと限界がある。可視化から更なる理解を深めるためには、機能モジュールやネットワークモチーフ等に基づいた階層構造の表現が必要。そして、それはインタラクティブ、且つ簡単なオペレーションでなくてはならない。（計算機リテラシーの高い人ばかりが研究者ではない。） モジュール／サブネットワークを表現するファイルフォーマットの検証。XMLを使えば容易、
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http://www.oxfordjournals.org/our_journals/bioinformatics/nextgenerationsequencing.html
オープンソース・プロジェクトによりMicrosoftが生命工学の市場に参入
List of bioinformatics journals - Wikipedia
遺伝子の部屋
http://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp/~shimizu/database/top.html
バイオサイエンスデータベースセンター - NBDC