Compressed Suffix Arrayの記事まとめ - EchizenBlog-Zwei
一応CSAの記事を書き終えたので、各記事へのリンクリストを。 補足:記事を7つも読むの面倒くさい人は、↓にもう少し簡単な圧縮法の解説を書いておいたので参照されたい。 15分でわかる(とうれしい)Suffix Arrayの簡単な圧縮法 Compressed Suffix Arrayの解説(1) -Suffix Array- Compressed Suffix Arrayの解説(2) -SAの計算量- Compressed Suffix Arrayの解説(3) -圧縮の方針- Compressed Suffix Arrayの解説(4) -unary記法- Compressed Suffix Arrayの解説(5) -Succinct Bit Vector- Compressed Suffix Arrayの解説(6) -B Vectorと Ψ Vector- Compressed Suffix
Suffix Trees and Arrays
情報生命科学基礎・演習 渋谷 Suffix Trees and Arrays 渋谷 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター （兼）情報理工学系研究科コンピュータ科学専攻 tshibuya@ims.u-tokyo.ac.jp http://www.hgc.jp/~tshibuya 今日の話題 情報生命科学基礎・演習 渋谷 接尾辞木（Suffix Tree）とは 接尾辞配列（Suffix Array）とは 接尾辞配列の作成アルゴリズム 3-way Quick Sort Mamber & Myers Kärkkäinen & Sanders 接尾辞木の作成アルゴリズム Ukkonen Farach 参考書 Gusfield, D. (1997) Algorithms on Strings, trees and sequences, computer science and co
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Burrows Wheeler Transform と Suffix Array - naoyaのはてなダイアリー
,. -‐'''''""¨¨¨ヽ (.＿＿_,,,... -ｧァﾌ| あ…ありのまま 今日 起こった事を話すぜ！ |i i| }! }} /／| |l､{ j} /,,ｨ//｜ 『BWT について調べていたら Suffix Array のライブラリができていた』 i|:!ヾ､_ﾉ／ u {:}//ﾍ |ﾘ u' } ,ﾉ _,!V,ﾊ | ／´fト､_{ﾙ{,ィ'ｅﾗ , ﾀ人 な… 何を言ってるのか わからねーと思うが /' ヾ|宀| {´,)⌒`/ |<ヽﾄiゝ おれも何をされたのかわからなかった… ,ﾞ ／ )ヽ iLﾚ u' | | ヾｌﾄﾊ〉 |／_／ ﾊ !ニ⊇ '／:} V:::::ヽ 頭がどうにかなりそうだった… /／ 二二二7'T'' ／u' __ /:::::::/｀ヽ /'
Spaghetti Source - Suffix Array
Suffix Array (Larsson-Sadakane) 説明 Suffix Arrayとは，与えられた文字列の接尾辞の集合を辞書順ソートしたものである．近年，これを用いることによって多くの文字列の問題が解かれることがわかってきた． Larsson-Sadakane は Suffix Array を O(n (log n)^2) 時間で構成するアルゴリズムである．Mamber-Myers と同様のアイデアによって文字列長を倍加させ，O(log n) 回の multikey quicksort を行うことにより，全体で O(n (log n)^2) の計算量を達成する．詳しくは適当な文献を参照． Suffix Array を用いて解けるもっとも典型的な問題は，文字列の検索である．Suffix Array 上で二分探索を行えば，O(m log n) でパターンの検索ができる．また，Suf
Perl による Suffix Array の実装
Perl による Suffix Array の実装 2006-04-10-2 [Programming][Algorithm] 昔作った「Perlによるsuffix arrayの実装」を発掘したので公開しておき ます。 ソースコードです。 #!/usr/bin/perl -w use strict; my $t = "mississippi"; # Text - 対象テキスト my @sa = (0..length($t)-1); # Suffix Array - 初期設定 ### Suffix Array の作成 @sa = sort {substr($t, $a) cmp substr($t, $b)} @sa; # テスト出力 for (0..$#sa) { print "$_ $sa[$_] ",substr($t, $sa[$_]),"\n"; } ### バイナリサーチによる
線形時間で Suffix Array 作成
線形時間で Suffix Array 作成 2005-01-23-1 [Algorithm] 週末自己啓発！アルゴリズムの勉強。趣味の世界。 taku-ku 氏に教えてもらった論文。線形時間で Suffix Array を作る話。 Suffix Tree 方式だと O(n) でできるのだがこれは違うやり方。 Juha K¨arkk¨ainen and Peter Sanders: "Simple Linear Work Suffix Array Construction", ICALP 2003, LNCS 2719, pp. 943-955, 2003. <http://www.cs.helsinki.fi/u/tpkarkka/publications/icalp03.pdf> Abstract. [...] 1. recursively sort suffixes beginning
[を] Suffix Array の解説文書のリンク集
Suffix Array の解説文書のリンク集 2006-04-10-3 [Algorithm] Suffix Array について解説している日本語による文書のうち、 Webで閲覧できるもののリンク集。随時更新予定。 - 用語解説: Suffix Array (PDF) via http://ta2o.net/tools/sufary/ - Suffix Array の解説 in D論 (PDF) via http://ta2o.net/tools/sufary/ - 横着プログラミング 第9回: sary: Suffix Array のライブラリとツール http://0xcc.net/unimag/9/ - Suffix Arrayの簡単な説明 http://sary.sourceforge.net/docs/suffix-array.html - Suffix Trees and
Compressed Suffix Arrays
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[を] Perl による Suffix Array の実装
Perl による Suffix Array の実装 2006-04-10-2 [Programming][Algorithm] 昔作った「Perlによるsuffix arrayの実装」を発掘したので公開しておき ます。 ソースコードです。 #!/usr/bin/perl -w use strict; my $t = "mississippi"; # Text - 対象テキスト my @sa = (0..length($t)-1); # Suffix Array - 初期設定 ### Suffix Array の作成 @sa = sort {substr($t, $a) cmp substr($t, $b)} @sa; # テスト出力 for (0..$#sa) { print "$_ $sa[$_] ",substr($t, $sa[$_]),"\n"; } ### バイナリサーチ
お手軽PerlでSuffixArrayに挑戦
試しにPERLでSuffixArrayついでにソートの勉強 下記のページを参考にしている http://www.namazu.org/~satoru/unimag/9/ ここに記述されているコードは、実験のために書かれているので、 へんなところはご容赦を... インデックスを作ってみる Cで書かれたサンプルをperlでかいてみた。 PERLでもquicksortの関数はあるが、一応PERLでかいてみた。 バイナリー形式でインデックスファイルを書き出している。 テストのためのサンプルプログラムなので、書き出したあとよみだして表示している。 pushを使って配列を拡大しているが、これってスピード的にいいのだろうか？ pack,unpack関数はいろいろ使いでありそう！！ 1: #!/usr/bin/perl 2: 3: #2003/03/14 4: #UNIXマガジン2002 10月号 横着プ
Suffix Arrayの簡単な説明
最終更新日: 2000-11-14 (公開日: 2000-11-14) Suffix Arrayは巨大なテキストを高速に検索するためのデータ構造 です。テキストのサフィックスを辞書順 (ABC順) に並べ、それに 対するポインタを配列として格納したものが Suffix Array です。 サフィックスとはテキスト中のある位置からテキスト末尾までの文 字列のことをいいます。テキストへの検索は Suffix Array を用い て 2分探索の要領で行います。 では、 Suffix Arrayの構築に移りましょう。ここでは ``abracadabra''というテキストに対して Suffix Array を作成す ることにします。 まず最初に、テキストに対してインデックスポイントを割り当てる 必要があります。インデックスポイントは、検索が行える位置を指 定したものです。この例では、どの位置からでも
横着プログラミング 第9回: sary: Suffix Array のライブラリとツール
最終更新日: 2002-12-18 (公開日: 2002-12-18) Unix Magazine 誌に 2002年1月号から 2003年2月号にかけて連載し ていた記事の元の原稿です。 私にフローチャートだけを見せて、テーブルは見せないとしたら、 私はずっと煙に巻かれたままになるだろう。逆にテーブルが見せて もらえるなら、フローチャートはたいてい必要なくなる。 -- Frederick P. Brooks Jr. *1 プログラミングにおいてはデータ構造が重要であり、正しいデータ 構造を選択すればアルゴリズムは自明なものとなる、という主張が ある。Rob Pike*2 の "Notes on Programming in C" *3 によると、現実的なプログラムに必要なデータ構造は次の 4つであ るという。 配列 (array) 連結リスト (linked list) ハッシュテーブル
suffix array
更新履歴 2004/01/07 O(N) 構築アルゴリズム三種追加（Ko &Alulu, Kim & al., Karkkainen & Sanders) Suffix Arrayは、最近注目を集めているデータ構造です。その理由として、 (1)大規模なデータに対して、高速に検索、情報抽出を行うことができる (2)BWTとしてデータ圧縮に用いることができる。 ことが挙げられます。(1)に関しては自然言語処理において、膨大な量のコーパスから情報（例えば、単語の出現回数など）を調べるときににSuffix Arrayを用いると非常に高速に求めることができます。 膨大な量のコーパスに基づいた自然言語処理が盛んになってきている今、Suffix Arrayが注目を集めています。 また、ゲノム情報を調べるバイオインフォマティクスにおいても、ここの配列と似ている部分（例えばCCAG）を調べるといった場合
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