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2013年4月12日のブックマーク (8件)

  • Ubuntu12.04 OpenMPIのインストール - cmphysの日記

    共有メモリを使う並列計算ならばOpenMPが便利ですが、ワークステーションやスーパーコンピュータとなってくると分散メモリなのでMPIが必須になってきます。 インテルの提供するIntel MPIはコンパイラと違って有償なので、フリーで配布されているOpenMPIかMPICHを使用することにします。 ワークステーションでジョブを実行する前に、自分のパソコンでテストランしたいので、パソコンにもMPIを使ったプログラムがコンパイルできる環境を作ります。 ネットの評判を見ていると、OpenMPIの方が安定して動作し、性能も高いみたいです。 OpenMPは、実はapt-getで簡単にインストールできます。 $ sudo apt-get install openmpi-bin openmpi-dev プログラムのコンパイルは $ mpif90 -o test test.f90 とするとできます。 コンパ

    Ubuntu12.04 OpenMPIのインストール - cmphysの日記
  • 並列計算への道【OpenMPI導入編】 - EGS5/PHITS Masterへの道(その他雑記)

    粒子線治療場の中性子測定をしていました。 研究に必要なEGS5、PHITSの習得を目指していました。 プロフェッショナルな方、私と同じように未熟な方、よろしければコメントください。 PHITSのMPIを使った並列計算は コア数が3以上のマシンで無ければ意味をなしません。 残念ながらコア数が2以下の方は、この記事は必要ありません。 gccをインストールしたら 並列計算へ向けてMPIライブラリをインストールします。 MPIライブラリは何を使っても問題ありませんが、 MPICH2、LAM、OpemMPI等ならフリーで使うことができます。 MPICHが最もメジャーだという印象を持っているのですが、 僕の環境ではmakeでエラーが出て弾かれました。 エラーの内容を解読するのも面倒だったので 使い慣れているOpenMPIを入れることにしました。 こちらは特にエラーもなく、無事にインストールできました。

    並列計算への道【OpenMPI導入編】 - EGS5/PHITS Masterへの道(その他雑記)
    mthiroki
    mthiroki 2013/04/12
  • MpichからOpenMPIへ - トータル・ディスクロージャ・サイト(事実をありのままに)

    mpichからOpenMPIへ EL5.4より、提供するMPIの実装がmpichからOpenMPIに変更されます。CentOSやredhatの標準MPIがOpenMPIに変更された事も、御存じの方は多い事と思います。 なぜ、mpichからOpenMPIへ変更するのか? mpichですが、永年使用されてきて、枯れた実装である事から、現在でも信頼して使用しているケースは多いのです。MPIを使うソースコードによっては、libmpich.aとべた描きされている場合すら見かけます。 mpichの現状 あまりにも古いという点があります。既にmpich自体は開発が終了したばかりか、メンテナンスも公式には行なわれていません。 弊社が提供するバイナリは1.2.7p1で、最終バージョンなのですが、これも、そのままでは問題があり、EL4などで動作させる為にfixしています。 現在、MPI規格は MPI-2

    mthiroki
    mthiroki 2013/04/12
    使える話
  • MPICH2のインストール | Netsphere Laboratories

    (2008.10.8) Linux機とWindows機が混在する (ヘテロ) 環境で、並列にプログラムを動かす方法について。 並列プログラミングはいろいろな方法がありますが、ここではMPIライブラリを使ってみます。 MPI (Message Passing Interface) は、その名前のとおり、並列に動作するプログラム間で、メッセージをやり取りするための仕様です。MPI-1, MPI-2 として標準化されています。 複数の機械(ノード)を結んで、あたかも一つの計算機として計算させるために用いられます。(クラスタ) MPIは、 ブロードキャストなどデータを各ノードに配布したり集計したりする関数がある。かつ、効率のいい実装が期待できる。 RPC (Remote Procedure Call) ではない。送信データに型は付けれるが、どの関数に振り分けるかは受信側でプログラムを書かないといけ

    mthiroki
    mthiroki 2013/04/12
    まずはこれ。
  • MPI ( mpich2 openmpi gfortran g95 )

    mthiroki
    mthiroki 2013/04/12
  • MPIの設定と使い方:tech.ckme.co.jp

    目次 >> MPI MPI(Message Passing Interface) このページでは、MPI(http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/)について解説する。 MPIとは MPIとは、複数の計算機で並列に計算させて、演算の高速化を図る手法である。1台のコンピュータでも可能ではあるが、通常は複数台のコンピュータをネットワークでつないだ構成を取る。1台の場合は、OpenMPなど別の方法も検討してみるとよい。 MPIはほかの並列か方法と比べて、大規模な並列化に向いているが、その一方で、実行するには特別な方法でプログラムを起動させてやる必要があるなど、少々敷居が高い。 OpenMPIとMPICHがあるが、どちらもメジャーなので好きな方を使えばよい。 OpenMPIのインストール $ sudo apt-get install openmpi-bin openmpi-d

    mthiroki
    mthiroki 2013/04/12
    イケてる。
  • C++でOpenMPI入門1 ランク - bettamodokiのブログ

    おもむろにOpenMPIに取り組んでみようと思う. FortranやC言語でも情報が散逸しているのが現状のようだが, C++となると基は同じとは言え, いまいちよくわからん. というわけで, ここにサンプルを示しながら, 勉強していきたい. サンプルはここに従って試していこうととりあえず考えています. http://apollon.issp.u-tokyo.ac.jp/~watanabe/pdf/mpinote.pdf といっても, 僕はOpenMPIについてはド素人なので間違った事を書くかもしれない. コードについては一応手元で実行してからここに記すようにはしています. OpenMPIの関数名のFortran, C言語, C++での対応関係は以下のサイトをみると便利. http://www.lam-mpi.org/tutorials/bindings/ #include <iostre

    C++でOpenMPI入門1 ランク - bettamodokiのブログ
    mthiroki
    mthiroki 2013/04/12
    メモ
  • mpi:mpi [Embedded System Laboratory]

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    mthiroki
    mthiroki 2013/04/12
    導入のはじめに