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サービス終了のお知らせ - NAVER まとめ
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Welcome to a Little Book of R for Biomedical Statistics! — Biomedical Statistics 0.2 documentation
Welcome to a Little Book of R for Biomedical Statistics!¶ By Avril Coghlan, Parasite Genomics Group, Wellcome Trust Sanger Institute, Cambridge, U.K. Email: alc@sanger.ac.uk This is a simple introduction to biomedical statistics using the R statistics software. There is a pdf version of this booklet available at https://media.readthedocs.org/pdf/a-little-book-of-r-for-biomedical-statistics/latest/
Rのちょっと速いコードの書き方
Rはループ速度が段違いに遅いと言われる。確かにループとメソッド呼び出しで構成したマイクロベンチマークを実行すると、Javaが6.32秒、C++で6.33秒で終わる処理が、87時間18分16.0秒（推定値）かかったりする。S-PLUSやMatlabなどの他の同種の言語よりは高速か同等と指摘されているが、汎用言語に比べると断然遅い（Benchmark 2）。 もちろん大半の計算は問題ない。標本数１万ぐらいのサンプルでプロビット分析を行っても、1秒もかからず計算が終わる。コマンドを打っている時間の方が圧倒的に長い。しかし人間はどのような環境でも速度に憧れるものだ。そしてRでも短時間に処理を終わらせる為のコツはある。 1. パッケージや内部関数を使う 大抵の著名パッケージはC言語で実装されているので、内部的な処理は高速だ。Rではなるべくコードを書かない方が良い。スクリプト言語やインタープリッタ全般
統計ソフトRの「困った」を解決する12（+α）の方法｜Colorless Green Ideas
はじめに Rの「困った」 現在、統計処理ではRというソフトがよく使われている。Rは高機能であり、初心者から上級者まで使うことができる。とは言っても、Rに取りかかるのはなかなか難しい。テレビや洗濯機といった家電製品を買ったならば、紙の説明書が付いてくるので、とりあえずそれを見れば、最初の使い方も分かるし、困ったときにどうすれば良いか分かる。Rのようなソフトウェアではそうはいかない。「困った」を解決してくれる紙の虎の巻 [1] は付いてこない。また、メーカーのサポートが付いた商品なら、メーカーに問い合わせるという手段もあるが、フリーソフトのRではそうもいかない。 結局、Rで何か「困った」ことが起きた場合、自分で色々と調べなくてはならない。こう言うと、Rは大変そうだと思う人もいるかもしれない。だが、主にインターネットを通じて、Rの説明書代わりのさまざまな情報が提供されている。 この記事では、「コ
R関連ブックマーク: Taglibro de H
「Rを教えるにあたってのクイック・ガイド」 - 勝虫日記と「Rを教えるにあたってのクイック・ガイド」(日本語ユーザ編) - ゲノムと計算機に便乗して、そのほかの、日頃お世話になっているサイトのリンクをならべてみたりする。 舟尾さんの続・わしの頁 舟尾さん作で竹澤さんのところにあるR-Tips 久保さんの生態学データ解析 - R 関連の参照 三中さんの租界〈Ｒ〉の門前にて 中澤さんの統計処理ソフトウェアRについてのTips 青木さんのR による統計処理 英語圏のRブログだと、R-bloggers | R news & tutorials from the webにまとめられている。 そのほか、R専用というところではないけれども JAGS News Journal of Statistical Software
Excel上でRを動かすRExcel - もうカツ丼でいいよな
最近Office Professionalを買ったので，近頃はもっぱらOfficeで遊んでいる．Officeはちょっとバグとか多くて難しいから，よく勉強をして早く初心者を脱出したい． で，ここ2〜3日はExcelからRを呼ぶ方法をいろいろ調べていた．やっぱVBAちょっとくらい勉強しないと駄目かなとか思い始めた頃，RExcelというExcelのアドインを見つけた(statconn)．これを使うと結構実用的なレベルでExcelとRを連携させられそう*1． RExcelのインストール まず，rscproxyとrcomの2つのパッケージをRから入れておく．下の二行はRExcelのインストール時にやれっていわれたからやった*2． install.packages("rscproxy") install.packages("rcom") library(rcom) comRegisterRegistr
「Rを教えるにあたってのクイック・ガイド」(日本語ユーザ編) - ここからゲノムと計算機すか
イメージングのデータをよりによって，エクセルで，カット・アンド・ペーストを繰り返し，徹夜して解析している4年生を見て，こりゃいかんと思い，Rのスクリプトを書いて，「ほら，こんなに作業が簡単になるでしょ?」と，Rをオススメするはずだった． ところが，反応はイマイチ．こんな難しいことやってられません，と言いたげな顔になってしまったので，いきなり負荷をかけすぎたかと反省．やはり，教えるのってムズかしい． かつむし日記 に触発されて。 いきなり脱線しますがこの勝虫さんのエントリで紹介されていたA Quick Guide to Teaching R Programming to Computational Biology Studentsが含まれているEducationシリーズは、研究でデータ解析を行う医学生物学分野の学生にとってお役立ちなノウハウが詰まった論文がひしめいているので、チェックしておか
RプログラミングTips大全 - RjpWiki
RjpWiki はオープンソースの統計解析システム R に関する情報交換を目的とした Wiki ですR 言語の実行制御フロー † R は多くの計算機言語と同じような Algol 風制御命令のセットをもつが、より柔軟である。 実行文 expr は単純実行文でも、(波括弧で括った)複合実行文(同一行に並べるにはセミコロンで区切る)でもよい。 ↑ 繰り返し for † 書式 (ループ範囲 range の各要素 arg に対して expr を実行 ) for(arg in range) expr 注意：for ループは一般に実行速度を遅くするボトルネックになりやすい。またコードが長くなり勝ちである。apply 関数ファミリの使用や、特にベクトル・行列・配列の成分ごとのループは専用高速関数が用意されているのでその使用を考える。 ループ範囲にベクトルを取る(基本) > x = 1:4 > for (i
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