An introduction to scripting in Ruby for biologists - BMC Bioinformatics
Correspondence Open access Published: 16 July 2009 An introduction to scripting in Ruby for biologists Jan Aerts1 & Andy Law2 BMC Bioinformatics volume 10, Article number: 221 (2009) Cite this article The Ruby programming language has a lot to offer to any scientist with electronic data to process. Not only is the initial learning curve very shallow, but its reflection and meta-programming capabil
遺伝子のプロモータ配列を簡単に得るスクリプト - Loud Minority
遺伝子のプロモータを得るだけのために、各種ゲノム配列を準備するのは面倒。NCBI のE-Utils利用すると、ゲノム配列の準備とかしなくても、プロモータ配列が得られます*1。 準備するもの ruby rubygems xmlsimple ネットワーク環境 プロモータを得たい遺伝子のNCBI Gene ID(群) 使い方 引数にプロモータを得たい遺伝子のNCBI Gene IDをカンマ区切りで列挙します。 以下の様にすると、3つのIgG (FCGR1A(2212), FCGR2B(2213),FCGR3A(2214))のプロモータを取得して表示します(転写開始点から上流250bp, 転写開始点下流50bpの計300bp)。 % ruby get_promoter_seqs.rb 2212,2213,2214取る領域を変更したい場合はスクリプト内のPROMLEN(取る配列の長さ)とPROMIN
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