人気TVアニメ「機動戦士ガンダム00」の第2シリーズ。西暦2312年。ソレスタルビーイングと、国連軍との最終決戦から4年。地球連邦政府を樹立した人類は、さらなる国家の統合、人類の意思統一を目指すべく、連邦正規軍とは別に、独立治安維持部隊『アロウズ』を組織する。しかし、その実態は、統一に名をかりた反政府勢力や主義、思想等への非人道的な弾圧であった。夢を叶え、ルイス・ハレヴィとの約束を守るべく、宇宙技術者の道に進んだ沙慈・クロスロードも、否応なく連邦政府の改革に巻き込まれていく。一方、4年前の最終決戦で生き延びた刹那・F・セイエイは、ソレスタルビーイングによって変革を促された世界の行く末を見つめていた。監視者、アレハンドロ・コーナーを倒し、争いのない平和な世界になることを夢見て。しかし、彼が目の当たりにしたものは『アロウズ』によって作られた弾圧という名の平和、歪み続ける現実であった。彼は再び戦