SARS-CoV-2の変異株B.1.1.529系統（オミクロン株）について（第２報）
K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H * *メディア情報より オミクロン株について オミクロン株は基準株と比較し、スパイクタンパク質に30か所のアミノ酸置換（以下、便宜的に「変異」と呼ぶ。）を有し、3か所の小欠損と1か所の挿入部位を持つ特徴がある。このうち15か所の変異は受容体結合部位（Receptor binding protein; RBD; residues 319-541）に存在する(ECDC. Threat Assessment Brief)。 オミクロン株に共通するスパイクタンパク質の変異のうち、H655Y、N679K、P681HはS1/S2フリン開裂部位近傍の変異であり、細胞への侵入しやすさに関連する可能性がある。nsp6における105-107欠失はアルファ株、ベ
SARS-CoV-2の変異株B.1.1.529系統について（第１報）
K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H 海外での流行状況と評価 2021年11月25日時点で南アフリカで77例(1)、ボツワナで4例(1)、香港で2例(4)が確認されている。 南アフリカにおいてはハウテン州においてCOVID-19患者数が増加傾向にある(5, 6)。 南アフリカでは、公共の場での常時のマスク着用、夜間の外出禁止、飲食店の時短営業、集会の人数制限、酒類の夜間販売停止等の対策が継続されていた(7)。 南アフリカハウテン州で2021年11月12 日から20日までに採取された77検体すべてがB.1.1.529系統であった(8)。他に100例以上の関連症例の存在が示唆されている(9)。11月以降に遺伝子配列が決定された新型コロナウイルスの検出割合では、B.1.1.529系統
我が国における超過死亡の推定（2020年5月までのデータ分析）
※結果をご覧いただく際の注意事項 8月現在の本分析（2020年5月までのデータ分析）では、超過死亡はすべての死因を含むため、今回観察された超過死亡は新型コロナウイルスを直接の原因とする死亡の総和ではありません。外出自粛等に伴う病院不受診や生活習慣の変化に伴う持病の悪化による死亡（増加分）、さらには例年より減少している可能性があるとされる交通事故死（減少による相殺分）など、新型コロナウイルスの感染拡大による間接的な影響も含まれています。これら死因を考慮し、直接と間接を明確にした分析は、データが入手出来次第行って参ります。 要約 2012年–2020年の人口動態統計データを用いて、日本における新型コロナウイルス感染症流行期における2020年1月から5月31日における超過死亡を週別、都道府県別に推定した。前回報告同様、米国疾病予防管理センター（CDC）の用いるFarringtonアルゴリズム、お
新型コロナウイルス感染症の積極的疫学調査に関する報道の事実誤認について
今般、北海道における新型コロナウイルス感染症に関する一部の報道において、国立感染症研究所（以下、本所）職員の発言趣旨に関して事実と異なる報道がございましたので、ここでご説明いたします。 １．前提：積極的疫学調査について 感染症が流行した際には、「感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律」第１５条に基づき、「積極的疫学調査」が実施されます。 「積極的疫学調査とは、感染症などの色々な病気について、発生した集団感染の全体像や病気の特徴などを調べることで、今後の感染拡大防止対策に用いることを目的として行われる調査」です（厚生労働省ホームページより）。 積極的疫学調査は、都道府県・政令市・特別区の業務であるとともに、感染症の発生予防・まん延防止のために緊急の必要がある場合には、国が都道府県等の行う疫学調査について必要な指示を行うとともに、国自らも積極的疫学調査を行うことと定められています
現場からの概況：ダイアモンドプリンセス号におけるCOVID-19症例
(2020年2月19日掲載) 英語版はこちら 背景 クルーズ船ダイアモンドプリンセス号（以下クルーズ船）は、2020年1月20日、横浜港を出発し、鹿児島、香港、ベトナム、台湾、および沖縄に立ち寄り、2月3日に横浜港に帰港した。この航行中の1月25日に香港で下船した乗客が、1月19日23日から咳をみとめ、1月30日に発熱し、2月1日に新型コロナウイルス陽性であることが確認された。そのため、日本政府は2月3日横浜港に入港したクルーズ船に対し、その乗員乗客の下船を許可しなかった。2月3日からの2日間、全乗員乗客の健康診断が検疫官により行われ、症状のある人、およびその濃厚接触者から新型コロナウイルスの検査実施のために咽頭ぬぐい液が採取された。2月5日に検査結果よりCOVID-19陽性者が確認されたことから、クルーズ船に対して同日午前7時より14日間の検疫が開始された。この時点でクルーズ船には、乗客
病原体検出マニュアル
病原体検出マニュアルは、感染症法に基づいて感染症の報告がなされる際の検査の標準化のために、国立感染症研究所と全国地方衛生研究所の共同作業で作成されたものであり、感染症対策に係る行政対応における大きな根拠となっております。本マニュアルを使用し、常に評価し、科学の進歩にあったものに改善していくことが常に求められています。 更新情報 2024.08.27 3類感染症 の「腸管出血性大腸菌感染症」を更新しました 2024.05.20 5類感染症 の「感染性胃腸炎 –ロタウイルス–」を更新しました 2024.05.02 4類感染症 の「重症熱性血小板減少症候群（病原体がフレボウイルス属ＳＦＴＳウイルスであるものに限る。）」を更新しました 2024.03.28 5類感染症 の「百日咳」を更新しました 2024.03.21 5類感染症 の「薬剤耐性菌感染症」（ペニシリン耐性肺炎球菌感染症、バンコマイシン
コロナウイルスとは | 国立感染症研究所
2021年09月30日改訂 ヒトに感染するコロナウイルス ヒトに感染するコロナウイルスは、風邪の病原体として人類に広く蔓延している４種類と、動物から感染した重症肺炎ウイルス２種類が知られている。加えて2019年に発生した新型コロナウイルスは、新たに人類に定着しそうな勢いで感染拡大している。これらのコロナウイルスについて、それぞれの特徴を下に記載する（表１）。 １．風邪のコロナウイルス ヒトに日常的に感染する４種類のコロナウイルス（Human Coronavirus：HCoV）は、HCoV-229E、HCoV-OC43、HCoV-NL63、HCoV-HKU1である。風邪の10～15％（流行期35％）はこれら4種のコロナウイルスを原因とする。冬季に流行のピークが見られ、ほとんどの子供が6歳までに感染を経験する。我々はこれらのウイルスに生涯に渡って何度も感染するが、軽い症状しか引き起こさないため
インフルエンザとは
（IDWR 2005年第8号掲載） インフルエンザ（influenza）は、インフルエンザウイルスを病原とする気道感染症であるが、「一般のかぜ症候群」とは分けて考えるべき「重くなりやすい疾患」である。 流行が周期的に現われてくるところから、16世紀のイタリアの占星家たちはこれを星や寒気の影響（influence）によるものと考え、これがインフルエンザの語源であると言われている。インフルエンザは、いまだ人類に残されている最大級の疫病である。 なお、鳥インフルエンザについては別稿で扱う予定である。 疫 学 毎年世界各地で大なり小なりインフルエンザの流行がみられる。温帯地域より緯度の高い国々での流行は冬季にみられ、北半球では1～2月頃、南半球では7～8月頃が流行のピークとなる。熱帯・亜熱帯地域では、雨季を中心としてインフルエンザが発生する。 わが国のインフルエンザの発生は、毎年11月下旬から12
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https://www.niid.go.jp/niid/images/epi/corona/2019nCoV-02-200312.pdf
https://www.niid.go.jp/niid/images/lab-manual/2019-nCoV20200225.pdf
https://www.niid.go.jp/niid/images/vir3/nCoV/Method_NIID_20200114_Na.pdf
https://www.niid.go.jp/niid/images/epi/corona/2019nCoV-01-200210.pdf
麻疹とは