R Markdown による日本語pdf出力を調べてみると http://bicycle1885.hatenablog.com/entry/2014/10/15/032024 http://qiita.com/uri/items/d9e50e8e5a37217a3f5d http://qiita.com/uri/items/d9e50e8e5a37217a3f5d などある. わたしの場合次のようにしている. luatex を用いるなら --- title: "Untitled" output: pdf_document: latex_engine: lualatex documentclass: ltjsarticle --- として, xelatex を用いるなら --- title: "Untitled" header-includes: - \usepackage{xltxtra}