平成11年6月18日、志賀１号機は、第5回定期検査（平成11年4月29日停止〜7月23日起動）のため停止中でした。同日未明、原子炉停止機能強化工事の機能確認試験の準備として、制御棒関連の弁を操作していた時、2：17　想定外に制御棒3本が引き抜け、原子炉が臨界状態となりました。2：18　原子炉自動停止信号が発生しましたが、引き抜けた制御棒3本はすぐに全挿入されませんでした。2：33　弁の操作により制御棒が全挿入となり、臨界状態が収束しました。事故後に、所長以下関係者が発電所へ集まって対応を協議しましたが、約2ヵ月後に控えていた2号機着工などに影響があると考え、最終的に所長が外部へ報告しないことを決断しました。事故に関するデータを改ざんして必要な記録を残していませんでした。