LAMMPS Molecular Dynamics Simulator
LAMMPS is a classical molecular dynamics code with a focus on materials modeling. It's an acronym for Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator. LAMMPS has potentials for solid-state materials (metals, semiconductors) and soft matter (biomolecules, polymers) and coarse-grained or mesoscopic systems. It can be used to model atoms or, more generically, as a parallel particle simulato
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MDS
pysimm
AMD Threadripper and (1-4) NVIDIA 2080Ti and 2070 for NAMD Molecular Dynamics
http://apollon.issp.u-tokyo.ac.jp/~watanabe/pdf/mdthermo.pdf
CMSI計算科学技術特論A 第12回 (2013/07/04)
実践・液晶の分子シミュレーション（その１）
