ryamadaのコンピュータ・数学メモ
didierfle.com 例えば、一番簡単なレベルA1に <>がある。 didierfle.com Youtube もある www.youtube.com ja.wikipedia.org 医療健康情報の（標準）規格で、スマホの医療健康アプリを（も）想定しているらしく 基本的にはブラウザ・インターネット上のデータマネージメントで 80%の基本形と20%のカスタマイズ余地とからなるらしい 初学者向けFHIRハンズオンセミナーPythonでFHIR!-Webアプリを作ろうに、pythonで簡易実装してみよう、というのがあるので、これを読んでみる pythonを使うらしい pythonのwindows PCへのインストール インストーラのあるstable 最新版を入れてみる：ダウンロードサイト uxmilk.jp テキストファイルの読み込みにあたって、エクセルで作ったCSVファイルの読み込み（
ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ
列挙してみる 遺伝生殖関係 メンデル メンデルの遺伝の法則 集団遺伝学 木村資生 進化解析 系統樹 連鎖不平衡 遺伝的多様性 家系解析 連鎖解析 ゲノム特化事項 オミックス マルチオミックス 時空間離散化(個人・細胞) 量的生物学 統計関係 フィッシャー 離散変数 カテゴリカル変数 連続変数 多変量解析 離散確率過程 多重検定 多段階解析 統合解析 QC 量子確率論 尤度 ベイズ流 ゲノム疫学 データサイエンス関係 大規模データ解析 機械学習 深層学習 ゲーム理論 量子計算 量子計算機 情報関係 マルチバンディット ボルツマンマシン エントロピー 個人情報 数学関係 微分積分学 線形代数学 グラフ理論 情報幾何 多様体 確率微分方程式 物理学関係 波動関数 量子力学 医療関係 臨床ゲノム学 リスク遺伝子 責任遺伝子 リスクコミュニケーション 遺伝子診断 予防医学 出生前診断 個別化医療 倫
R による統計処理
「Rによる統計解析」 オーム社 刊 サポートページ 目次 第1章 Rを使ってみる 第2章 データの取り扱い方 第3章 一変量統計 第4章 二変量統計 第5章 検定と推定 第6章 多変量解析 第7章 統合化された関数を利用する 第8章 データ分析の例 付録A Rの解説 付録B Rの参考図書など はじめに R とは何か，何ができるかのリンク集（日本のもののみ） R を使うためにはどうしたらいいの？ データなどの読み書き R の定石（R に限らずプログラミングの定石も） R を使って実際に統計解析をする AtoZ 一連の流れ データファイルの準備をする 分析してみる 分析結果を LaTeX で処理したり，ワープロに貼り込んだりする 道具立て 連続変数データをカテゴリーデータに変換 カテゴリーデータの再カテゴリー化 度数分布表と度数分布図の作成 散布図・箱髭図の描画 クロス集計（独立性の検定，フィ
(Rで)塩基配列解析
(Rで)塩基配列解析 (last modified 2023/05/24, since 2010) このページは、RStudio (R含む)で生命科学系のデータ解析を行うためのテンプレート集です。このページに特化したチュートリアル（インストール | についてと基本的な利用法）を一通り実践した上でご利用ください。より一般的なチュートリアルは、教科書の付録ページ(←読込に時間がかからなくなりました)にあるR1.010とR1.020で提供しています(2023/04/01)。 アグリバイオインフォマティクス、@Agribio_utokyo、アグリバイオの教科書、(Rで)塩基配列解析のサブページ What's new? (過去のお知らせはこちら) アグリバイオインフォマティクスの教科書「Web連携テキスト バイオインフォマティクス」のページの読み込みに時間がかかる問題がありました。理由は1つの巨大な
(Rで)マイクロアレイデータ解析
(Rで)マイクロアレイデータ解析(last modified 2023/05/24, since 2005) お知らせは主に(Rで)塩基配列解析で行っておりますのでそちらをご覧ください。(2018/11/21) アグリバイオインフォマティクス、@Agribio_utokyo、アグリバイオの教科書、生命情報解析研究室 What's new? アグリバイオインフォマティクスの教科書「Web連携テキスト バイオインフォマティクス」のページの読み込みに時間がかかる問題がありました。理由は1つの巨大なページとして構成していたためですが、章ごとのページに変更することで解決しました。(2023/05/24) このページに取り残されていた2014年出版のトランスクリプトーム解析という本のWeb資料情報を「(Rで)塩基配列解析」に移行しました。(2022/12/24) バイオDBとウェブツール ラボで使える
R言語で統計解析入門： 目次1 テクニカルデータプレゼンテーション 梶山 喜一郎
Technical Data presentation in R コピペで学ぶ Rでテクニカルデータプレゼンテーション １．基礎統計解析編 グラフィックス・リテラシ－教育: 「図学 I ・図形情報 I ・統計学」科目 修了後のコースウェア 福岡大学工学部図学教室 梶山 喜一郎 ・つまみ食いで，学習しないように願います． ・データの可視化を体系・系統だったスキルにするために順を追って学習する． ・統計ブームに乗っている学習者も先人に感謝の気持ちを．さらに， ・確かなスキルにするために，教科書・解説書を理解し，Rスクリプトで確認． A. はじめに--ここは統計・解析の必要を味わった後で読めばよい まず，統計の手続きを実行する．慣れたら統計的に考えよう． 学校の統計学を復習--買った教科書とノートをまた読むだけ a. 測定と尺度 Measurement and scale b. 記述統計学の
租界〈Ｒ〉の門前にて
◇宣伝！— 三中信宏『みなか先生といっしょに 統計学の王国を歩いてみよう：情報の海と推論の山を越える翼をアナタに！』 2015年6月5日刊行，羊土社，東京，191 pp., 本体価格2,300円, ISBN:978-4-7581-2058-6 → 目次｜版元ページ｜コンパニオンサイト ◇連載〈統計の落とし穴と蜘蛛の糸〉 羊土社から発行されている雑誌『実験医学』2014年2月号から隔月連載された〈統計の落とし穴と蜘蛛の糸〉記事のオンライン版です． → オンライン連載トップページ 第1回 データ解析の第一歩は計算ではない（2014年2月号, pp. 442-447） 第2回 データの位置とばらつきを可視化しよう（2014年4月号, pp. 935-940） 第3回 データのふるまいをモデル化する（2014年6月号, pp. 1427-1433） 第4回 パラメトリック統計学への登り道〔1〕：ば
政治学方法論：計量分析 (KH's web site)
総合 Content Analysis ジョージア州立大学・William Evans 教授が運営する，テクストの計量的内容分析に関する総合サイト．参考文献，ソフトウェアの紹介，メーリングリストなど． http://www.car.ua.edu/ Political Analysis アメリカ政治学会政治学方法論分科会の機関誌．統計分析を中心に，政治学方法論の最先端の議論が載る．本文を PDF ファイルでダウンロードできる．論文によっては追試用のデータもダウンロードできる． http://polmeth.wustl.edu/polanalysis.php Political Methodology Video Series アメリカ政治学会方法論分科会が中心になって編集された統計分析のビデオ集．政治学方法論の第一人者が出演している．オンラインで閲覧することができる． http://pswe
統計解析用フリーソフト・R-Tips
R は有名な統計言語『 S 言語』をオープンソースとして実装し直した統計解析ソフトです．さまざまなプラットフォーム（OS）に対応しており，誰でも自由にダウンロードすることができます．それにも関わらず，世界中の専門家が開発に携わっており，日々新しい手法・アルゴリズムが付け加えられています．とにかく計算が速い上にグラフィックも充実しているので数値計算などにも持ってこいです．このドキュメントは Windows 版 R と Mac OS X 版 R（と一部 Linux 版 R ）でコマンドを調べた足跡です． ちなみに，この頁の内容を新しくした書籍は こちら ，電子書籍版は こちら で販売されております．
統計処理ソフトウェアRについてのTips
最終更新： 2008年 8月 27日 (水曜日) 15時35分 このページでは，国際共同研究のオープンソースなプロジェクトで開発され，GNU GPLに従って公開，配布されている高機能な統計ソフトであるRについてのTipsを扱う。 News／更新情報 保管庫1（2004年1月まで） | 保管庫2（2004年2月から） 保管庫内の主なトピック：平方和(SS)｜「Rによる統計解析の基礎」（保管庫外だがサポート掲示板|正誤表）｜オッズ比 ｜1.6.0｜1.6.1｜1.6.2｜1.7.0｜1.7.1｜1.8.0 | 1.8.1｜1.9.0｜1.9.1｜2.0.0｜2.0.1｜2.1.0｜2.1.1｜2.2.0｜2.2.1｜2.3.0｜2.3.1｜2.4.0｜2.4.1｜2.5.0｜2.5.1｜2.6.0｜2.6.1｜2.6.2｜2.7.0 R News Vol.8/1公開（2008年6月5日） ●5
生態学データ解析 - FrontPage
生態学で使われるデータ解析・統計モデリングをあつかうサイトです． サイト管理者: 久保拓弥 内容: 統計学授業, R 関連, GLM 関連, GLMM 関連, ベイズ統計 & MCMC, よくある質問 などなど 全ペイジ一覧 統計学授業など 統計学授業: 久保の北大での授業 (cf. ELMS) 統計学授業の教科書: 「データ解析のための統計モデリング入門」 集中講義・セミナーなどはこちら 配信版: 配信版・統計モデリング入門 よくある質問あれこれ 生態学会大会などでの活動 生態学会の自由集会など (これまでの一覧) 2018 年 3 月 札幌大会: データ解析で出会う統計的問題: R の新しい作図・作表 生態学会誌などに掲載された 解説文一覧 (ダウンロードできるものものあります) 参考：Statistical Ecology Virtual Issue (Methods in Ecol
RMeCab - RとLinuxと...
テキストマイニングのためのツール: データ解析・グラフィックス環境 R から日本語形態素解析ソフト和布蕪( MeCab )を呼び出して使うインターフェイス 2008年 09月2日 RMeCab0.61 でとりあえず安定版とする R は ここ から，自分のOSにあったファイルをダウンロードしてください．例えばWindows版なら，[Windows]->[base]とクリックし，R-2.*.*-win32.exeをダウンロードします．後はダブルクリックを繰り返せばインストールできます．なお、Windows版の場合は起動直後に日本語の設定をしてください。メニューの [編集]->[GUIプリファレンス]->[Font] で MS Gothic を選び [save] を押して、保存先はデフォルトそのままにマイドキュメントに保存します。その後は [OK] を押して操作を続行します。なおRを終了させる際
乱数Tips大全 - RjpWiki
Rで使える疑似乱数発生法(R 1.7.0)以降 † .Random.seed は乱数のシードを含む整数ベクトル。保管したり、元に戻したり出来るが、ユーザーが変更すべきではない。 RNGkind は RNG の種類を問い合わせたり、変更するためのより扱いやすいインタフェイスである。 RNGversion 以前の R のバージョンの乱数発生法を設定するために使うことが出来る(一貫性のために)。 set.seed は乱数種を指定するためのお勧めの方法である。 用法: .Random.seed <- c(rng.kind, n1, n2, ...) save.seed <- .Random.seed RNGkind(kind = NULL, normal.kind = NULL) RNGversion(vstr) set.seed(seed, kind = NULL) 引数: kind: 文字、も
電子医学ノート
立川察理の部屋へようこそ。このサイトは Hiki を用いて構築されており、凍結されたページ以外はHikiの記法で書き込むことができます。 ご意見、ご感想などは までご連絡ください。
R on the Biowulf Linux CLuster
R (the R Project) is a language and environment for statistical computing and graphics. R is similar to the award-winning S system, which was developed at Bell Laboratories by John Chambers et al. It provides a wide variety of statistical and graphical techniques (linear and nonlinear modelling, statistical tests, time series analysis, classification, clustering, ...). R is designed as a true comp
＠IT Special PR：SPSS製品 導入事例探求 第23回 武蔵野赤十字病院編
従来、データマイニングは社会科学分野の調査・研究分野で活用されてきた。しかし、近年では医療分野での活用が急速に進んでいるという。医師の経験だけでなく、実験やデータ解析を通じた客観的な根拠に基づく医療、すなわち「EBM（Evidence Based Medicine）」が重視されるようになってきたことが、その背景にある。 今回の事例では、放置すれば最終的には「肝硬変」や「肝臓がん」へと進行してしまう「C型肝炎」の治療において、「Clementine」を用いたデータマイニングによる治療効果向上への取り組みについてご紹介する。取材にご協力いただいたのは、武蔵野赤十字病院 消化器科部長泉並木氏と同科副部長黒崎雅之氏のお二人である。 泉氏と黒崎氏が勤務する武蔵野赤十字病院は、肝臓病の治療では全国でも3本の指に入るほどの実績をあげており、日々、さまざまな肝臓疾患を抱えた患者が訪れる病院である。 黒崎氏
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R で並列処理 - RjpWiki
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