配列モチーフ探索文献 Tompa et al. 2005 Nature Biotechnology Phylogenetic footprinting、発現パターン、ChIP結果などの補助的情報を使わず、 配列のみを使って解析する13のツールを fly, human, mouse, yeast, 人工データでテストした。 ただし、エキスパートがパラメータをファインチューニングし、 ベストヒットした1つのモチーフを取る、という条件での比較。 どのツールもyeastで特にハイスコア。flyはやや低め。 人工データよりもrealのスコアが低いのは、 今回正解としている以外のモチーフも配列に含まれてて そいつをトップヒットとしてしまったことにペナルティがかかってしまったせい。 Hu et al. 2005 BMC Bioinformatics あまりチューニングせずほぼデフォルト設定でベンチマーク。 そうすると、
