リガンドを重ね合わせてファーマコフォアを作る話 - magattacaのブログ
前回の記事でファーマコフォアスクリーニングを実施し、約2500個の化合物までリストを絞り込みました。思った以上に減らなかったので、さらなる絞り込みのため、ファーマコフォアを作成した流れを振り返りたいと思います。 リガンド-タンパク共結晶構造を取得（PDB, 6構造） PLIPを使って相互作用を解析 RDKitでPLIF作成 複数の構造で相互作用に関与する残基に着目 4.の残基と近接するリガンドの部分構造を選定（フィーチャー、３つ） 5.のフィーチャーの位置関係からファーマコフォアを作成 このうち、Step 5、Step 6の部分では、共結晶構造１つ（PDB id: 5NIX）をもとに作成をおこなっています。課題として「フィーチャー３つの選択基準がかなり恣意的だった」、ということが挙げられると思います。そこで今回はもう少し、根拠（？）をもってフィーチャーを選択できるか、残りの共結晶構造５つを
低分子でタンパク質の量を制御 〜アゴニストでもアンタゴニストでも阻害剤でもないMOA〜 - magattacaのブログ
創薬 Advent Calendar 2018 - Adventar 13日目が空いていたので埋めます。 創薬アドベントカレンダーを読むような方々には釈迦に説法という感があり恐縮なのですが、しばしお付き合いいただければと思います。 言うまでもありませんが、医薬品となる化合物の多くがタンパク質と結合し、その薬効を発揮してます(*1)。インシリコ創薬に関する話題でいえば、結合するか否かの予測（ドッキングやSBVS）や活性の予測ということになると思いますが、ではその活性ってどんな種類があるの？ということについて調べました。 活性の種類（作用機序: MOA）といえば、多くはアゴニストやアンタゴニスト・阻害剤として機能していると思います。タンパク質と結合して、本来のシグナルを流すスイッチをONにするか、流れているシグナルを止める、酵素活性を阻害するといった感じです。これらは基本的に結合の対象となる”
RDKitで３次元構造に挑戦！ part 2 〜HALAVEN と Halichondrin Bの構造類似性比較〜 - magattacaのブログ
前回の記事でHALAVEN®️（eribulin mesylate）の元になった天然物 Halichondrin B の３次元構造を見ることができました。 今回は両者の比較を行って見たいと思います。 1. ３次元構造の比較 2. ２次元構造で共通部分構造を探索（MCS） 3. ２次元構造で類似性を比較（FingerPrint） 4. フィンガープリントへの各原子の寄与 5. フィンガープリントのビット配列を可視化 まとめ 追記 1. ３次元構造の比較 まずは前回の復習を兼ねてEribulinの３次元構造を生成します。 PubChemPyを用いた検索からEribulinは "CID: 11354606"ということが分かっていますので、こちらを利用したいと思います。 import pubchempy as pcp import pandas as pd from rdkit import Ch
1
リリース、障害情報などのサービスのお知らせ
最新の人気エントリーの配信
j次のブックマーク
k前のブックマーク
lあとで読む
eコメント一覧を開く
oページを開く
